随着我国股权分置改革的基本完成，我国证券市场的运行规则已悄然发生了改变，我国证券市场肩负着在新环境下保护中小投资者利益不被侵害的重要责任。在我国证券市场的发展过程中，中小投资者利益保护水平还比较低的原因可以概括为以下几点：大股东占款、违规为大股东或者关联方担保贷款、进行不公允的关联交易、控股股东整体上市或者向上市公司注入非优质资产以及信息披露不规范。我国现有的文献较少从公司治理这一微观层面构建出一个适合于同一国家同一行业内不同公司的中小投资者利益保护的衡量指标体系。本文在国内外学者针对中小投资者利益保护的相关研究的基础上，进行了归纳和总结，构建出一个与我国制造业紧密相关的中小投资者利益保护评价指标体系。这一指标体系的构建不仅有利于企业的中小投资者评价某一公司中小投资者利益保护的水平，为其投资决策提供必要的信息；同时也为企业了解自身在中小投资者利益保护方面的不足，针对中小投资者利益保护方面的不足做出改善。本文对深沪两市2009—2011年制造业上市公司的中小投资者利益保护进行了实证研究发现，首先我国中小投资者利益保护水平与欧美等成熟证券市场相比还有较大差距；其次随着我国证券市场的逐步发展和完善，中小投资者的利益也得到越来越多的重视，实证研究的结果也显示出我国中小投资者利益保护水平也逐年提高，这一实证结果与我国证券市场中的发展趋势是一致的；最后通过三年的数据的研究发现在中小投资者利益保护四方面的内容中，控股股东的行为是中小投资者利益受到侵害的最主要因素，因此有必要加强对控股股东行为的约束，从而达到保护中小投资者利益不被侵害的目的。