国防科研成本控制是国防科研工作的重要组成部分。当前世界各国对国防科研的投入日益增长,加之科研成本对生产成本有决定性作用,国防科研成本控制的重要性日益增加。因此,本文以国防科研成本控制为研究课题,来考察我国国防科研成本控制的系统构成及其功能机制。并在分析我国国防科研成本控制制度缺陷的基础上,进行了有益的理论研究,认为我国国防科研成本控制系统应当具备三层结构。国防科研成本控制系统的三个层次中,第一个层次是决策系统,军方通过成本预测和成本决策来做好事前成本控制,对应国防科研的决策阶段;第二个层次为管理系统,军方通过综合运用协调、激励、监督等职能对国防科研成本合同进行管理,并通过建立成本控制评价体系来进行事后成本控制;第三个层次为执行系统,军方与科研部门进行协作,主要由科研部门在国防科研成本形成过程中实施事中成本控制。本文通过对国防科研成本控制系统三个层次的展开分析,进行了相关的模型构建和实证分析,并提出了几点政策建议,希望能对我国国防科研成本控制体系的改进有所帮助。