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为揭示转移远缘物种基因组DNA创新植物种质的规律，在分别导入属于第2、第3和第4资源库远缘物种基因组DNA获得变异系的基础上，对变异系和它们的受体水稻的表型性状进行了比较研究，采用AFLP及SSR等分子标记技术对转移远缘物种基因组DNA创制的变异系与其供受体的遗传多态性进行了定性、定量研究，在RAPD分析基础上对只在变异系和供体存在的特异DNA片段进行了核苷酸序列的比较研究。 将小粒野生稻（O.minuta）、稗草（Echinochloa crusgalli）及钝顶螺旋藻（Spirulina platensis）等远缘物种的基因组DNA分别导入保持系V20B、恢复系先恢207、蜀恢527及盐恢559等3系杂交水稻亲本，D1均获得变异株；从它们的后代分别选育出新的保持系野威B、恢复系RB207及恢复系株系RS527、RS559等。在植株形态、产量、品质、抗性或（和）耐逆性等性状上，野威B、RB207、RS527、RS559与各自受体相比，有较大改良。将高粱基因组DNA导入保持系IR58025B，在第1代（D1）获得的1变异株香粱5，从D2起在形态上一直不出现分离现象。 AFLP分析表明：导入野生稻或稗草DNA获得的变异系，与各自受体均存在4.4％的遗传多态性，并含有供体特异分子标记。另外，AFLP分析发现突变存在“热点”现象。 SSR分析表明：变异系野威B、香粱5均与受体存在遗传多态性，并含有供体特异的分子标记带型；而香粱5的5个第2代单株的SSR扩增产物间没有遗传多态性，并与第10代的一致，从分子水平证明，在外源DNA导入过程确实存在变异株一经获得即不分离的现象。 RAPD分析及DNA序列分析表明：变异系野威B与受体V20B存在遗传多态性；变异系和供体具有而受体中没有的1对RAPD特异带DNA片段(VOPG-11975与DOPG-11975)均含有975个碱基对，彼此间的相似性高达97％；在水稻基因组数据库中没有发现与它们同源的DNA序列。 变异系与供受体的表型及DNA多态性比较研究结果说明，导入远缘物种基因组DNA可创造优异水稻新种质。DNA多态性研究结果进一步证明了远缘物种DNA可向栽培稻的转移；同时发现，是远缘物种基因组和受体基因组2者的编码序列间、非编码序列间的互作，使受体发生变异：通过不同分子标记技术对不同变异系和各自受体的研究还发现，变异系与受体基因组DNA间存在5％左右的多态性。后者可能揭示了远缘物种基因组DNA引起受体变异的量的一般规律。