支付清算系统是一国经济金融体系的重要基础设施。安全、高效的支付清算系统对于畅通货币政策传导,密切各金融市场有机联系,加速社会资金周转,提高资源配置效率,防范金融风险,维护金融稳定,推动金融工具创新,改善金融服务都具有十分重要的意义。但支付清算系统中也存在许多影响资金清算效率的问题,如何减少这些问题的发生,提高资金清算的效率,一直是中国人民银行及各级分支机构和商业银行各级管理部门高度关注的工作。本文从实际工作角度出发,以辽宁省支付清算系统数据为基础,从查询查复率不高、清算窗口频繁开启、支付清算系统安全运行管理等几个方面,对影响我国支付清算系统资金清算效率的问题进行了详细分析。为解决影响资金清算效率的问题,提出了完善法律制度,加强培训,注重日常管理等一般性措施；运用流程管理知识对不同的业务问题分别提出了解决措施及流程改进建议；运用危机管理知识,从危机防范、危机处置、总结危机三个方面,对如何建立支付清算系统的应急管理机制提出建议,并从提高危机意识,危机的预防准备,危机的监控与预警,危机处理管理小组,制定危机应急处置预案,定期进行应急演练等方面入手,重点分析了如何做好危机防范管理工作。希望通过本文的探索,能够提高我国支付清算系统的资金清算效率,并为新一代支付系统设计提供重要的参考。