公立医院是我国民生项目健康发展的重要保障,是实现全民基本医疗服务的重要力量。新医改明确提出推行医药分开,改革以药补医机制,逐步将公立医院现行的三个补偿渠道改为政府补助和服务收费两个渠道,取消药品加成收入。因此,在这种形势之下,如何取消药品加成、实现公立医院改革,从而构建科学适宜的补偿机制,是公立医院改革的重点和难点。本文紧密围绕新医改,运用系统动力学的理论和方法,按照2012年1月1日起执行的《医院财务制度》对于收入和支出的分类,研究公立医院三种补偿渠道对公立医院收入的影响,从政府补偿、市场补偿、社会补偿三个维度,三级公立医院、二级公立医院和一级公立医院三个层级探讨取消药品加成后的公立医院补偿机制。本文首先对国内外公立医院补偿机制的研究现状和系统动力学在国内医疗服务管理中的应用研究进行综述,据此对两项研究进行研究述评,归纳总结出本文的研究启示;其次,从公立医院着手,运用年鉴数据对我国公立医院的现状进行分析,并总结出存在政府财政补偿不足、医疗服务补偿收支不抵、药品收入补偿占比过高、其他补偿有待进一步完善等问题；然后,根据公立医院的收入与支出,对公立医院补偿机制进行系统反馈分析,并据此运用系统动力学的方法构建我国公立医院补偿机制的系统动力学模型；最后,按照公立医院分级,运用我国卫生统计年鉴数据对所建模型进行模拟与仿真,以探讨三级、二级和一级公立医院补偿机制存在的问题及解决策略,并提出改革我国公立医院补偿机制的主要政策与建议,以期为政府提供一套可行的改革方案。本论文得出如下结论：第一,对于三级公立医院,政府财政补助收入增加20%,医疗服务价格提高11%,社会捐赠在基期一次性增加500万元基础上再提高35%；第二对于二级公立医院,政府财政补助收入增加18%,医疗服务价格提高9%,社会捐赠在基期一次性增加100万元基础上再提高35%；第三,对于一级公立医院,政府财政补助收入增加30%,医疗服务价格提高10.5%,社会捐赠在基期一次性增加30万元基础上再提高35%。在此等情况下,可以保证公立医院自负盈亏,从而补足取消药品加成后的较大亏损。据此,本文提出加大政府补偿力度、提高医疗服务价格、拓宽公立医院补偿渠道等政策建议,本文的研究对于新医改形势下公立医院得到合理科学的补偿具有重要的理论意义和借鉴价值。