在行政诉讼立案难、审理难、执行难三大顽疾中,以“立案难”为行政诉讼中最为突出的问题,为了从根本上解决“立案难”的问题,新修订的《行政诉讼法》第五十一条规定:“人民法院在接到起诉状时对符合本法规定的起诉条件的,应当登记立案。”从立法上正式确立立案登记制度为我国案件受理制度。立案登记制度施行两年多以来,在实际运行中这一司法改革的重要制度出现了一些问题,导致司法公信力受到质疑。本文从理论层面对行政案件立案登记制度内涵进行分析以及对两大法系国家的行政案件立案登记制度进行考察,立案登记制度应当是仅作形式审查的立案制度,而基于对我国3033份司法裁判文书的大数据分析以及部分法院的实地调研等实证研究表明我国是依然存在实质审查的具有中国特色的行政案件立案登记制度,理论与实践的差异就导致行政案件立案登记制度运行出现了两方面的问题,一方面是形式审查与实质审查界限不明确,另一方面是实质审查标准不明确。笔者通过对现实国情的分析认为我国依然存在实质审查是有必要的,但要保证符合现实国情和保护诉权的平衡关系,由此笔者确定了以形式审查为主,浅层次、低程度的实质审查为辅的审查标准,实质审查的内容应当严格限定在法律规定的原告、被告、受案范围和管辖权、诉讼请求和事实根据四个方面,既要使行政案件立案登记制度符合我国现实国情,也要保障诉权。另外在形式审查方面,笔者根据行政诉讼的特殊性,同时体现司法便民的原则,对行政案件的起诉状进行优化,并对建立完善的立案登记信息系统提出建议。“有权利必有救济”,目前我国行政案件立案登记制度的诉权救济仅有事后救济,则应当保护当事人的程序参与权,诉权救济也应当贯穿始终,具体而言就是建立当事人立案程序听证制度、细化上级人民法院处理当事人投诉规则、完善立案登记工作监督体系,进一步完善立案登记诉权救济体系。行政案件立案登记制度作为深化司法体制改革的重要制度必须要有保障制度来解决立案登记制度实施引发的新情况、新问题,本文针对行政案件立案登记制度实施带来的实际问题有针对性的构建保障制度,以保证立案登记制度落地落实;同时展望我国解决问题的最终审判体制保障即建立我国独立的行政法院,进一步推进行政案件立案登记制度从目前的“准立案登记制度”转变为真正的立案登记制度。