在知识经济时代，层出不穷的技术创新和新经济模式的应用，给人类社会生产生活带来急剧的改变，从而也为我国及至世界范围的知识产权保护提出许多新的课题。以互联网为代表的计算机网络技术和电讯技术的发展，催生了电子商务，使商业活动突破了时间和地域的限制，这是对传统商务活动的新的突破，加强了知识与经济的紧密联系，从而增强了知识与信息的影响力，促进了其经济价值的转化，带来巨大经济利益，对人类商业活动造成深远影响，具有不可估量的商业前景。如何提高在电子商务领域的竞争力，在其中对商业方法的保护是至关重要的环节，从而迫使各国密切关注、认真研究以何种法律保护体系进行对商业方法的知识产权保护。本论文旨在通过对与计算机程序相关的商业方法专利保护的历史发展的总结，及借鉴美国、欧洲和日本的专利保护制度，提出我国应该建立自己的与计算机程序相关的商业方法的综合专利保护制度，对其给予切实有效的保护，增强我国在电子商务领域的竞争力。本论文还从操作层面提出在申请专利保护过程中撰写申请文件应注意的要求。本文共分为前言、正文、结论三部分。前言介绍本论文研究的背景、目的、论文的写作方法及主要结构设计。正文共分为四章，第一章对商业方法进行界定，并介绍其存在及发展状况，并给出与计算机程序相关的商业方法专利的概念，还将关系密切的与计算机程序相关的商业方法专利与计算机程序专利的关系进行了梳理。第二章从理论层面在trips框架下对与计算机程序相关的商业方法进行可专利性分析，从两方面展开，一方面是与计算机程序相关的商业方法的专利适格性分析，即是否是专利法保护的客体，在此基础上进一步从专利实质要件进行分析，即其是否具备新颖性、创造性、实用性的条件。第三章对美国、欧洲、日本的与计算机程序相关的商业方法专利保护进行比较分析，得出虽然其具有自特点，但有趋于一致的趋势。第四章介绍在中国与计算机程序相关的商业方法专利保护的现状，据此提出自己的几点建议：应当单独建立与计算机程序相关的商业方法专利制度，在审查指南中给出其定义，并建立适合其技术特点的新颖性、创造性和实用性标准，即：修改现有技术的含义，不分公开方式将所应用的地域界限均定为国内外，并将创造性中的显著进步要求和实用性中的积极效果的抽象概念合并，归入到实用性概念中，将其审查标准定为有用性；完善与计算机程序相关的商业方法专利申请的撰写要求；针对计算机技术的生命周期比较短的特点，应将与计算机程序相关的商业方法专利保护期缩短，这样将能更好地促进产业发展，促进技术进步；还应当建立与计算机程序相关的商业方法综合法律制度，加重判例在司法、行政执法中的份量，用专利法及其实施细则、审查指南、审查示例、司法解释、个案裁决等形成对商业方法建立综合的、动态的司法行政习惯渐进的法律制度。结论部分，提出综合的与计算机程序相关的商业方法专利保护制度。