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波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)隶属鲈形目(Perciformes)、隆头鱼科(Labridae)、唇鱼属(Cheilinus),是广泛分布于热带印度洋的重要的大型珊瑚礁鱼类,自1996年至2005年间曾四度被世界自然保护联盟(IUCN)、世界自然基金会(WWF)等组织和《濒危野生动植物种国际贸易公约》(CITES)列入濒危物种名单。因此,有关波纹唇鱼的遗传资源调查、资源保护、人工繁殖等工作亟待加强。目前,对波纹唇鱼的研究主要集中在生物学方面,而种质资源的研究较少。本研究运用4个线粒体基因标记(D-loop、COI、 Cytb以及ND1)结合微卫星分子标记研究了陵水、马来西亚、西沙、南沙4个不同地理波纹唇鱼群体的遗传多样性及遗传分化。结果如下：1.基于线粒体D-loop序列的波纹唇鱼遗传多样性和遗传分化分析用软件Dnasp计算出陵水、马来西亚、西沙、南沙4个群体的变异位点数分别为63、35、14、53,共110个,单倍型及单倍型多样性分别为29/0.996、17/0.979、9/0.934、29/0.984,核苷酸多样性分别为0.00660、0.00569、0.00661、0.00509,平均核苷酸差异数分别为5.957、5.126、5.978、4.590,群体内遗传距离范围为0.00502-0.00670,群体间遗传距离范围为0.00525-0.00698；由软件Areliquin3.5计算的中性检测为Tajima’s D test statistic:-2.32975(P=0.001)、-1.85574(P=0.019)、-0.21586(P=0.426)、-2.28163(P=0.001),Fu’s FS test statistic:-23.79762(P=0.000)、-9.77664(P=0.000)、-0.74532(P=0.353)、-22.33161(P=0.000),群体间的遗传分化范围为-7.88843-5.31207,经过AMOVA分析得出群体变异来源3.19%来自群体间,96.81%来自群体内,并由该软件计算出各群体碱基含量,单倍型数目、分布及频率,再由软件MEGA5.0完成单倍型的NJ系统树的构建；2.基于线粒体COI序列的波纹唇鱼遗传多样性和遗传分化分析用软件Dnasp计算出陵水、马来西亚、西沙、南沙4个群体的变异位点数分别为10、0、2、15,共23个,单倍型及单倍型多样性分别为9/0.798,1/0.000,3/0.275,14/0.768,核苷酸多样性分别为0.00092、0.00000、0.00018、0.00081,平均核苷酸差异数分别为1.428、0.000、0.286、1.254,群体内遗传距离范围为0.00000-0.00086,群体间遗传距离范围为0.00042-0.00101；由软件Areliquin3.5计算的中性检测为Tajima’s D test statistic:-1.67131(P=0.025)、0.00000(P=1.000)、-1.47534(P=0.059)、-2.12342(P=0.003), Fu’s FS test statistic:-3.75881(P=0.010)、-0.00000(P=N.A.)、-1.47534(P=0.018)、-11.41372(P=0.000),群体间的遗传分化范围为-1.37161-0.05932,经过AMOVA分析得出群体变异来源13.20%来自群体间,86.80%来自群体内,并由该软件计算出各群体碱基含量,单倍型数目、分布及频率,再由软件MEGA5.0完成单倍型的NJ系统树的构建；3.基于线粒体Cytb序列的波纹唇鱼遗传多样性和遗传分化分析用软件Dnasp计算出陵水、马来西亚、西沙、南沙4个群体的变异位点数分别为16、5、5、15,共31个,单倍型及单倍型多样性分别为14/0.815、5/0.663、6/0.681、14/0.816,核苷酸多样性分别为0.00437、0.00081、0.00089、0.00142,平均核苷酸差异数分别为1.916、0.921、1.011、1.614,群体内遗传距离范围为0.00082-0.00127,群体间遗传距离范围为0.00089-0.00128；由软件Areliquin3.5计算的中性检测为Tajima’s D test statistic:-2.47517(P=0.000).-0.49917(P=0.351)、-1.16440(P=0.123)、-1.56910(P=0.054), Fu’s FS test statistic:-0.96945(P=0.381)、-0.20857(P=0.451)、-2.22298(P=0.040)、-7.04791(P=0.000),群体间的遗传分化范围为-22.70893-1.33236,经过AMOVA分析得出群体变异来源1.11%来自群体间,98.89%来自群体内,并由该软件计算出各群体碱基含量,单倍型数目、分布及频率,再由软件MEGA5.0完成单倍型的NJ系统树的构建；4.基于线粒体ND1序列的波纹唇鱼遗传多样性和遗传分化分析用软件Dnasp计算出陵水、马来西亚、西沙、南沙4个群体的变异位点数分别为7、2、2、5,共13个,单倍型及单倍型多样性分别为9/0.456、3/0.195、2/0.143、6/0.262,核苷酸多样性分别为0.00053、0.00021、0.00029、0.00029,平均核苷酸差异数分别为0.514、0.200、0.286、0.278,群体内遗传距离范围为0.00021-0.00053,群体间遗传距离范围为0.00025-0.00041；由软件Areliquin3.5计算的中性检测为Tajima’s D test statistic:-2.07171(P=0.002)、-1.51284(P=0.051)、-1.48074(P=0.067)、-2.00709(P=0.002), Fu’s FS test statistic:-9.16602(P=0.000)、-1.86305(P=0.013)、0.29648(P=0.305)、-5.93882(P=0.000),群体间的遗传分化范围为-7.88843-5.31207,经过AMOVA分析得出群体变异来-0.58%来自群体间,100.58%来自群体内,并由该软件计算出各群体碱基含量,单倍型数目、分布及频率,再由软件MEGA5.0完成单倍型的NJ系统树的构建；5.基于微卫星分子标记的波纹唇鱼的遗传多样性和遗传分化分析利用及开发的15对微卫星引物荧光标记后应用于陵水、马来西亚、西沙、南沙4个群体的遗传分化研究。由软件POPGEN32计算出群体的Nei’s遗传相似指数和遗传距离及UPGMA聚类分析,遗传距离范围为0.1457-0.2656,遗传相似指数范围为0.7667-0.8644, UPGMA聚类分析表明陵水群体与马来西亚群体聚为一支,再与西沙聚为一支,而南沙群体为另一支,由该软件作各群体的等位基因数(Ne)、观望杂合度(Ho)以及期望杂合度(HE)的计算,范围分别为1.3431～7.3080/0.2258～0.7742/0.2597～0.8773、1.0000～8.6022/0.0000～0.6000/0.0000～0.9064、1.4152-6.1250/0.2143-0.8571/0.3042～0.8677、1.3388～7.9754/0.1389-0.9722/0.2567-0.8807,同时做最大似然值的Hardy-Weinberg检验,其P值范围分别为0.00512～0.81543、0.02252～0.95771、0.02244～0.99893、0.01823～0.40838；由软件PIC_CALC计算各群体的多态信息(PIC)含量范围为0.23535～0.85203、0.45531～0.87353(其中A3为单态)、0.53962～0.81300、0.24523～0.86359；由软件Areliquin3.5算出的群体遗传分化范围为0.17001(P=0.34545)～0.39153(P=0.40000),做出的AMOVA分析显示4.16%的变异来自群体间,35.75%来自群体内个体间,而60.90%来自个体内。6.基于4个线粒体基因和微卫星分子标记联合研究波纹唇鱼群体水平上遗传多样性以及遗传分化,虽然各种分子标记结果存在微小差异,但总体结果表明波纹唇鱼群体间的遗传分化不明显,遗传多样性水平也很低。