舟山群岛与中国大陆隔海相望,岛屿星罗棋布,独特的地理环境使其成为岛屿生物地理学与分子系统地理学研究的理想区域。本论文以广泛分布于舟山群岛和中国大陆的蹼趾壁虎、多疣壁虎与铅山壁虎为对象,研究舟山群岛大陆与岛屿种群的表形与遗传分化,阐明潜在的种群遗传结构,通过系统发育和种群历史动态研究了解种群演化历史,进而揭示种群分歧与气候、环境演变的关系。(1)个体大小与岛屿生物地理学我们共采集了中国大陆与舟山群岛共330个壁虎样本,其中蹼趾壁虎19个样点共93个样本、多疣壁虎27个样点共146个样本、铅山壁虎17个样点共91个样本。每个样本测定体长、头长、头宽、前肢长、后肢长、前肢间距与后肢间距。研究表明三种壁虎不同种群分类检索表鉴定特征稳定,且不存在个体大小两性异形;蹼趾壁虎四川种群、福建种群与舟山种群间有明显的背中线斑纹特征差异;三个物种大陆种群个体(吻肛长SVL和体尺量度第一主成分PC1)均显著大于岛屿种群;岛屿种群个体大小均与岛屿面积呈负相关系数但相关性不显著,蹼趾壁虎个体大小与岛屿距大陆最近距离呈显著正相关,这可能与不同面积岛屿的捕食压力相关;蹼趾壁虎背部形态特征差异与种群地理遗传结构一致。(2)基于MAXENT模型的潜在适生区的预测实地调查获得蹼趾壁虎(19个)、多疣壁虎(27个)以及铅山壁虎(16个)共62个样点信息。查阅文献获得蹼趾壁虎(27个)、多疣壁虎(74个)以及铅山壁虎(21个)共122个样点信息。同时结合19个气候环境变量,利用MAXENT模型分别对三种壁虎的潜在适生区以及历史适生区进行预测。预测结果可信度较高(AUC值均位于0.90-1.00区间)。最暖月降水与昼夜温差是影响三种壁虎适生区分布的主要环境变量。预测所得三种壁虎的适生区与野外调查的实际分布情况基本相符,历史适生区均受到冰期与间冰期的影响。蹼趾壁虎位于湖南、湖北的末次盛冰期适生区消失,但在四川盆地以及东部沿海地区经历扩张;至全新世中期东部沿海适生区收缩,四川盆地适生区向南部扩张。多疣壁虎适生区在三个历史时期基本稳定,在末次盛冰期受冰期影响,位于湖南、湖北的适生区部分消失。铅山壁虎适生区在末次盛冰期向东扩张,至全新世中期在江西扩张,东部沿海经历收缩。(3)比较分子系统地理学以线粒体ND2和COXI基因片段为分子遗传标记,我们开展了蹼趾壁虎、多疣壁虎与铅山壁虎的分子系统发育与种群分子系统地理学研究。研究表明多疣壁虎与铅山壁虎种群没有显著的种群地理遗传结构。蹼趾壁虎分为三大分支,分别是四川分支、福建分支和舟山分支;分歧时间估算表明,蹼趾壁虎最早在23Ma开始分歧,该分歧时间与中新世开始至上新世广泛发生的四川盆地周缘地质构造事件(大约从23 Ma开始)一致,该时期四川盆地东南部褶皱带的形成可能促进了该分歧。随后,福建分支与舟山分支于20Ma出现分歧,此时正值浙闽山系整体快速隆升阶段。结合种群扩张检验和Bayesian Skyline分析表明三种壁虎岛屿种群均约在5万年前受玉木冰期中期海退影响经历了祖先种群的快速扩张。12.5万年前蹼趾壁虎四川种群受到全球气候转冷影响经历了种群的快速收缩。蹼趾壁虎三个分支种群间的遗传距离很大(0.1982-0.2240),并且已接近壁虎属物种种间遗传分化(0.2318-0.3559)。结合形态特征差异、种群地理分布与系统遗传分化,我们认为蹼趾壁虎以上三个不同地区地理种群间基本已经达到亚种或种级分化。