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鲤鱼在我国淡水养殖业中占有较大比重，近年来在鲤鱼的养殖生产中，出现了生长缓慢、产量降低及抗病力差等生产性能下降的现象，这已成为制约中国鲤鱼养殖业发展的重要因素之一。传统选育方式的周期较长，且具有不确定性，将分子生物学应用于生物的遗传改良已成为必然，利用高效的标记进行基因定位，特别是一些重要的经济性状和数量性状位点的(QTL)定位，这将推动生物的标记辅助选育(MAS)和遗传改良的发展。
选择在表型性状上具有明显差异的荷包红鲤(Cyprinuscarpiovarwananensis)抗寒品系和柏氏鲤(CyprinuspellegninipellegniniTchang）建立研究体系F1BC1回交群体进行微卫星标记与鲤鱼的多个重要经济性状间的QTL相关性分析。
实验一，利用SPSS软件检测了测量记录的群体84个个体的体长、体高、体厚性状的表型数据的正态性分布，筛选出具有多态性的72个SSR(simplesequencerepeat)及EST-SSR(expressedsequencetag-SSR)标记，对建立的研究群体回交群体(F1BC1)的84个个体进行了基因型检测。应用WindowsManManager2.0的标记回归法对鲤鱼体长、体高、体厚性状进行了单标记回归分析。检测结果得出标记HLJ046、HLJ360、HLJ392与鲤鱼体长性状显著相关(P＜0.05)，HLJ1313与体高性状相关，HLJ392和HLJE475与体厚性状相关。其中与体长性状相关的标记HLJ046、HLJ360具有较大的加性效应，并且在多重比较分析中也得出这两个位点的等位基因为纯合时对体长性状是有正相关，体长平均值显著高于其他基因型个体。并对其他检测出的对与性状具有相关性的标记中不同基因型间进行了显著性比较，也通过AN0VA检验找到了相关的基因型。
实验二，在实验一中的72个多态性标记的基础上，增加了65个多态性微卫星标记，共计137个SSR及EST-SSR标记，对柏氏鲤/荷包红鲤抗寒品系的F1BC1群体93个个体进行了基因型检测。利用WindowsMapManager2.0的标记回归法进行了饲料转化率数量性状单标记回归分析。检测结果得到了(HLJ133、HLJ360、HLJ380、HLJ562、HLJ740、HLJ852、HLT930、HLJ1420)共8个微卫星标记和2个EST标记(HLJE318和HLJE417)与鲤鱼饲科转化率相关.对性状的表型贡献率为4％～11％。对同一标记的不同基因型间饲料转化率性状进行了显著性比较，通过ANOVA检验找到了相关基因型。检测出的与鲤鱼饲料转化率性状及鲤鱼生长性状相关的标记及基因型，为鲤鱼的QTL定位及分子标记辅助育种(MAS)提供了有效的依据。