新型甲型H1N1流感病毒于2009年从墨西哥引起暴发流行，并在短时间内迅速蔓延至全球，给世界各国造成了极大的恐慌和危害，并引起人们的高度关注。抗流感病毒药物的广泛使用会导致耐药性病毒株的出现，因此对抗流感病毒药物的耐药性分子机理进行研究对研发新的抗流感病毒药物具有十分重要的指导作用。本论文采用分子模拟方法系统地研究了三个神经氨酸酶NA的代表性突变体（H274Y, N294S和Y252H）和奥司他韦（oseltamivir）相互作用机制。研究首先采用同源模建的方法构建了目标蛋白，之后采用分子动力学模拟、MM/PBSA自由能计算和MM/GBSA自由能分解方法在分子水平上研究奥司他韦与野生株（WT）和三个突变株的相互作用机制。研究结果表明N294S和H274Y突变株对奥司他韦有显著的耐药性，而Y252H突变株对奥司他韦则没有耐药性。通过对单独能量项的研究，我们发现极性相互作用的减少是奥司他韦产生耐药性的主要原因。此外，自由能分解分析和结构分析表明N294S或H274Y突变会引起结合口袋大范围的构象变化，从而削弱了奥司他韦同神经氨酸NA的相互作用。本研究通过对流感病毒耐药性机制的研究为新型抗流感药物的设计提供了一定的理论依据。