鱼类种群是鱼类分类学的基本单位,鱼类资源变动研究也是以种群为单位,是鱼类生物学研究的基础。近年来,由于全球渔业捕捞能力过剩,海洋生态破坏和环境污染,很多鱼类都面临资源威胁,作为南海重要经济鱼种之一的短尾大眼鲷的资源量也正在下降,迫切需要加强资源的合理开发和与国内外的共同管理。本文以南海短尾大眼鲷(Priacanthus macracanthus)为研究对象,利用线粒体DNA序列分析方法判别南海北部和南部不同地理位点的短尾大眼鲷群体归属,为保护南海短尾大眼鲷资源及今后周边各国的共同开发和捕捞配额管理提供基本依据。主要研究内容如下:1.利用在南海北部陆架和南沙西南陆架采集的224尾短尾大眼鲷样品,采用线粒体控制区(mt DNA D-loop区)序列对其进行种群遗传结构分析,并探讨6个采样位点之间短尾大眼鲷种群归属关系。所得224条同源序列D-loop片段(729 bp)中碱基A、C、T、G的含量分别是31.8%、19.1%、34.1%和15.0%,A+T含量为65.9%,C+G含量为34.1%,显示明显的AT偏好和反G偏倚。检测到了101个突变位点和94个核苷酸多态位点,定义了172种单倍型;遗传多样性表现出高单倍型多样性(0.980 5~0.997 1)和低核苷酸多样性(0.048 2~0.060 9)的特点;单倍型网络图发现优势单倍型为Hap10、Hap29和Hap39,但没有发现显著的地理分化特征。成对的Fst分析显示各群体间的Fst值在-0.012 6~0.014 6之间,均小于0.05。系统发育分析和分子方差分析分析也显示各群体之间有较高的遗传同质性,遗传分化不显著,没有出现明显的地理分支或聚簇;中性检测和不对称分布分析发现南海短尾大眼鲷群体在更新世晚期发生过种群扩张。结果表明,所有采样地点采集的短尾大眼鲷群体属于同一种群。2.在前面取样的基础上增加了北部湾湾内一个采样点的22尾短尾大眼鲷,一共246尾,对其群体的线粒体细胞色素b基因(cytochrome b,cyt b)序列进行了扩增分析,获得了长度为684 bp的同源序列,碱基A、T、C、G含量分别为22.7%、28.4%、33.4%、15.5%,A+T与C+G含量分别为51.1%和48.9%。共检测到多态位点92个,占全部序列的13.45%,定义了90个单倍型。遗传多样性表现出高单倍型多样性(0.813 0~0.901 2)和低核苷酸多样性(0.004 0~0.005 3)的特点;单倍型网络图发现优势单倍型为Hap1、Hap2、Hap4和Hap6,但未见有显著的地理分化特征。成对的Fst分析显示,只有南沙采样点与三亚和北部湾等三处样品的值超过0.05,分别为显著的0.065 4、0.088 7、0.062 4,其余各群体间的Fst值在-0.018 5~0.037 2之间,均小于0.05,且值不显著。分子方差分析(AMOVA)表明,群体间的遗传变异仅占总遗传变异的1.25%,98.75%的遗传变异源于群体内。短尾大眼鲷群体间的分化指数(Fst)仅为0.012,群体间分化程度很低。基于线粒体Cyt b序列构建的邻接树(Neighbour-joining)揭示,南海海域的短尾大眼鲷个体基本是随机交叉聚类,各群体的个体均未单独成群,不能形成明显的聚类分支。系统发育分析和分子方差分析分析显示各群体之间有较高的遗传同质性,遗传分化不显著,没有出现明显的地理分支或聚簇;中性检测和不对称分布分析发现,南海短尾大眼鲷群体在更新世晚期发生过种群扩张。结果表明南海短尾大眼鲷群体间的遗传相似性较大,且存在较强的基因交流,尽管南海地理形势复杂,并且南海北部近岸和南沙西南部陆架地理距离较大,但是整个南海的短尾大眼鲷地理分化不明显,仍可以认为是一个大的种群。