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蓝冠噪鹛Garrulax courtoisi的分类地位尚不明确,据形态学的差异有学者将蓝冠噪鹛从黄喉噪鹛亚种Garrulax galbanus courtoisi独立出成为一个新种,但该结果尚缺乏遗传学证据。蓝冠噪鹛是极度濒危物种,其保护价值与其分类地位变化密切相关。基于此,本研究通过4个核基因(GAPDH、MYO、ODC、TGFB2)和1个线粒体基因(CO1),对蓝冠噪鹛与黄喉噪鹛G.galbanus及云南分布的另一个蓝冠噪鹛思茅亚种G.c.simaoensis进行分类学研究,并结合形态学、生态学及地理分布数据厘清蓝冠噪鹛与黄喉噪鹛的分类地位及其系统演化关系,并分析其分布格局成因;通过以上基因标记,以贝叶斯法和极大似然法重建噪鹛属的系统发育树,明确蓝冠噪鹛在噪鹛属中的系统演化位置及其与其他噪鹛属鸟类的亲缘关系。本研究得到主要结果如下:1.婺源和思茅两个地理种群与黄喉噪鹛间的遗传距离(G.c.simaoensis vs.G.galbanus=0.0068,G.c.courtoisi vs.G.galbanus=0.0084),大于本研究中亚种之间的遗传距离,并与遗传距离最小的种间的遗传距离(白点噪鹛G.bieti vs.斑背噪鹛G.lunulatus=0.0087)相近。因此,遗传学上支持蓝冠噪鹛独立成种。蓝冠噪鹛两个地理种群之间,也存在遗传分化(d=0.0034),并达到了亚种水平。因此,本研究支持思茅种群作为蓝冠噪鹛的一个亚种,即思茅亚种。2.蓝冠噪鹛与黄喉噪鹛形态上具显著差异:(1)部分黄喉噪鹛眼后方有蓝色裸皮,而蓝冠噪鹛缺乏这一特征;(2)在头冠、枕部、初级飞羽外缘等部位具有明显可分辨的颜色差异;(3)喙长(Z=2.410,P<0.0001)、翅长(Z=2.508,P<0.0001)和跗趾长(Z=2.932,P<0.0001)参数在二者间具有显著差异,身体测量参数的主成分分析结果可以将二者明显分开。3.蓝冠噪鹛两个亚种与黄喉噪鹛地理分布上有明显隔离,分布区相距遥远,其中婺源种群与黄喉噪鹛最远,思茅种群处于二者之间,与遗传距离结果相吻合。三者分布地所处的海拔、气候和环境均有差异。4.蓝冠噪鹛与黄喉噪鹛在营巢生境、巢位等繁殖生态参数上具有明显差别。5.在噪鹛属系统发育树中,蓝冠噪鹛(指名亚种和思茅亚种)、黄喉噪鹛、白脸噪鹛G.vassali、灰胸噪鹛G.delesserti和栗臀噪鹛G.gularis聚为一个分枝。其中蓝冠噪鹛与黄喉噪鹛关系最近,互为姐妹支,蓝冠噪鹛两亚种的分化时间(0.68 Mya)晚于黄喉噪鹛分化时间(0.87 Mya)。综合遗传学、形态学以及生态学研究结果,支持蓝冠噪鹛与黄喉噪鹛的种水平分化。结合噪鹛属演化历史和地质历史,推测蓝冠噪鹛的分化以及分布格局可能与更新世希夏邦马冰期(0.78 Mya)、倒数第三次冰期(0.4~0.7 Mya)和庐山冰期(0.2~0.4Mya)的气候变化(冰期与间冰期交替)有关。