南宋末年，宋廷主昏臣弱，内无扶主之谋臣，外无御敌之良将，帝国的势运逐渐衰微。以此种之境遇，在“灭国四十”、无人能撄其锋的蒙元铁骑面前，南宋仍坚持抗战长达四十多年之久，这其中南宋水军出力尤大。应当说，南宋水军对于抵御蒙元入侵，发挥了极为重要的作用，它在当时的南宋国防中有着特殊的战略地位。到了战争的后期，南宋赖以生存的水上优势的彻底丧失，也是造成南宋灭亡的直接原因之一，南宋水军的成败与帝国的兴衰紧紧相连。本文所要论述的内容，就是以宋蒙(元)战争为大的背景，以当时南宋的水军为其主要论述对象，对南宋水军在战争期间的整体状况，它在当时南宋国防中所起的作用，南宋水军的兴衰对整个南宋帝国晚期命运走向以及南宋水军对于蒙元及其后世水军的深远影响做一个较为详细的梳理和初步的探析。本论文共分前言、正文、结语三大部分，各部分内容如下。前言部分包括：1，对我国古代水军的发展做一个简要回顾(截至到宋代)；2，对本论文课题进行阐释；3，回顾有关南宋水军的研究现状，指出现有研究的不足与薄弱之处，以及本文的切入点与突破口；4，对宋蒙(元)战争爆发的时间进行界定，并对本文题目中“水军”一词的使用进行阐释说明。正文共分四章：第一章是宋蒙(元)战争时南宋水军的概况。这一部分主要对南宋大力发展水军的原因、战争期间南宋水军的装备构成、水军的编制以及领导体制等进行梳理和探讨。第二章是南宋水军的防御体系。宋蒙(元)战争期间，南宋水军的布防基本上可以分为内陆河流防御和沿海防御。本章主要对南宋水军在长江、淮河、汉水以及沿海的布防特点以及这些措施在战争期间的得失做一个具体的评述。第三章是实战当中南宋水军的战略、战术。第四章是南宋水军在长江上的溃败与南宋的灭亡。本章主要对在战争后期宋元双方水军在长江上进行的三次较大规模水战以及南宋水军衰落原因做一较为详细的探讨分析。结语部分：主要是对南宋水军在宋蒙(元)战争中所起的作用以及对于后世的影响等内容进行总结。本文旨在以宋蒙(元)战争期间的南宋水军为切入点，对战争期间南宋水军的编制、领导体制、战舰、防御体系以及作战情况等进行考察。通过对战争中南宋水军整体状况的研究，力图阐明南宋水军在当时南宋国防中的特殊地位、作用以及影响，以求对战争期间的南宋水军获得一个整体性的认识，进而理清中国古代水军从南宋末年到蒙元这一时期的历史脉络。