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本研究包括三部分,第一部分以龙凤鲤(♂)×锦鲤(♀)、龙凤鲤(♂)×龙凤鲤(♀)为亲本,得到两组子代龙凤鲤(93尾),测量这两组子代龙凤鲤的10个主要形态性状和20个框架结构参数,研究亲本对子代形态的影响;第二部分以长鳍鲤、锦鲤和龙凤鲤共76尾个体为研究素材,从鲤鱼微卫星引物中筛选20对引物,利用微卫星分子标记方法,分析基因组DNA在20个微卫星位点上的遗传差异;第三部分以长鳍鲤8尾、锦鲤8尾和龙凤鲤个体10尾为研究对象,利用线粒体DNA D-loop区分子标记方法,研究这3种鲤鱼在线粒体DNA非编码区的遗传差异和亲缘关系,主要研究结果如下:1、两组子代30个形态指标通过均值t检验、主成分分析、判别分析和差异系数检验方法分析得到,两组子代只在体厚/体宽、胸鳍基起点至头部背侧末端BC/体长、背鳍基起点至臀鳍基起点EF/体长和背鳍基起点至臀鳍基末端EH/体长四个指标具有显著差异(P<0.05),其余指标均没有显著差异;主成分分析得到9个主成分,累积贡献率为81.11%,主成分分析图显示彼此之间没有明显的偏离态势;判别分析得到以体厚/体长、吻长/体长、眼间距/体长、胸鳍基起点至腹鳍基起点BD/体长、胸鳍基起点至头部背侧末端BC/体长和腹鳍基起点至头部背侧末端DC/体长6个指标为分析因子的判别方程,两组子代的判别准确率为78.5%;差异系数检验发现30个形态指标的差异系数值均小于1.28,没有达到划分亚种的标准。从总体判断,由龙凤鲤(♂)×龙凤鲤(♀)的子代和由龙凤鲤(♂)×锦鲤(♀)的子代在形态上具有高度的相似性。2、使用20对微卫星引物对长鳍鲤、锦鲤和龙凤鲤的遗传多样性进行研究,发现3个群体在20个位点上分别检测到108、164、154个等位基因,有效等位基因数分别为4.496、5.695和5.506,遗传多样性分别为0.764、0.803和0.799,期望杂合度分别为0.769、0.806和0.801,多态信息含量(PIC)分别为0.703、0.761和0.757,总体遗传多样性水平较高,其中锦鲤的遗传多样性最高,龙凤鲤次之,长鳍鲤最低。Hardy-Weinberg平衡检验发现,3个群体共有26个基因座表现为极显著的遗传不平衡(P<0.01),偏离指数分析显示:3个群体在20个微卫星位点上大部分处于杂合子过剩状态。平均遗传分化系数为7.1%,基因流Nm的平均值为3.5895,3个群体间基因流动性较大。3、对长鳍鲤、锦鲤和龙凤鲤的线粒体DNA D-loop区序列进行遗传结构和亲缘关系分析,得到长度为386 bp的分析片段,该片段富含A+T,G+C含量较少,共发现17个变异位点,约占分析总位点的4.66%,其中单一多态位点7个,简约信息位点10个,观测到一个碱基缺失及174 bp处的A碱基插入。共发现10种单倍型,其中2种单倍型为群体共享,其他均为各群体所特有,群体平均单倍型变异为0.708±0.095,3个群体的平均核苷酸变异和核苷酸多态性分别为3.966和0.0103,遗传聚类分析显示,龙凤鲤和锦鲤遗传距离近,而与长鳍鲤的遗传距离较远,说明在3个群体中龙凤鲤在很多遗传性状上与锦鲤相似,锦鲤的遗传多样性指标高于长鳍鲤和龙凤鲤,结果与微卫星分析显示的相同。