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主要组织相容性复合体(Major Histocompatibility Complex，MHC)基因是脊椎动物体内与免疫功能密切相关的一个庞大的基因家族，在调节免疫系统识别自身和异物之间起着重要的作用。MHC的变异反映种群内、种群间与进化相关的适应性过程，非常适合于研究进化生态学和保护学方面的一些问题。本文分析了13个鲸类物种经典的MHCⅠ类和Ⅱ类基因(DRA和DQB座位)第二外元(exon 2)的序列变异，包括假定的肽链结合区(peptide-binding region，PBR)。其中，较为系统地分析了195个江豚(Neophocaena phocaenoides)和15个白鱀豚(Lipotes vexillifer)3个MHC座位的序列变异水平，同时也对另外11种鲸类51个个体的序列变异水平进行了分析。通过这些分析，希望能够深刻的了解这些MHC基因在鲸类的变异水平，尤其关注那些由选择压力引起的序列变异。本研究首次系统地调查了13个鲸类物种在适应性标记MHC基因上的序列变异及进化关系，以期为鲸类保护遗传学和免疫遗传学提供一定的理论基础。通过PCR扩增，SSCP分型，克隆和测序来分析13种鲸类3个MHC座位的序列变异水平，结果发现，DRA座位具有低的遗传变异，而DQB和MHC-Ⅰ座位则具有相当高的序列变异水平。每个个体均不多于两种DRA序列，提示鲸类的DRA座位是单拷贝的基因。DQB基因在江豚和白鱀豚中至少存在3个座位，但在其他11个种鲸类只扩增出一个DQB座位。MHC-Ⅰ基因则至少存在3个座位。系统发生关系重建揭示不同物种的MHC基因序列并不分别形成单系，而是相互混合在一起。在3个MHC座位均发现不同鲸类之间共享等位基因。在DQB和MHC-Ⅰ座位上，某些相同的等位基因序列被亲缘关系较近的物种共享，提示跨种进化(trans-species evolution)模式的存在。然而，一些亲缘关系较远的物种，如属于鼠豚科(Phocoenidae)的江豚和属于白鱀豚科(Lipotidae)的白鱀豚之间也发现共享等位基因，则可以用趋同进化(convergent evolution)来解释，可能与它们面临着相似的环境压力(如长江淡水环境)相关。相似或相同等位基因的趋同或跨种进化可能是由平衡选择(balancing selection)来维持的，因为在PBR区，非同义替代(nonsynonymous substitution，d_N)远远大于同义替代(synonymous substitution，d_S)。而对于DRA座位而言，相同的等位基因序列不仅被江豚和白鱀豚所共享，还被其他的一些鲸类物种共享，如10个鲸类物种共享一个DRA等位基因，提示DRA等位基因非常保守，相同的等位基因可能是祖先基因的保留，这些都提示跨种进化是DRA基因主要的进化模式。此外，在DRA基因PBR区，d_N/d_S的值小于1，提示没有平衡选择作用于这个基因。