中国共产党的十八届三中全会曾明确地提出,鼓励农民将土地承包经营权在公开市场上以向农民专业合作社出资入股的方式进行流转,发展农业产业化经营。该政策的出台为土地承包经营权的流转方案提供了相关指引。农民问题在当今中国仍然占据着至关重要的地位,而有效地解决土地承包经营权的流转问题对于解决农民问题来说大有裨益。土地承包经营权入股农民专业合作社对于加快推进土地承包经营权的流转进程,进而实现农业的现代化具有极其深远的意义。农民合作社这一制度设计是农村传统制度的革新,它迎合了中国农业经济发展的潮流。本文以农民专业合作社为视角,从理论学说、法理、国家政策以及法律、法规等多个角度论证了土地承包经营权入股农民专业合作社的正当性,并结合发达国家农业现代化的成功经验阐释了土地承包经营权入股农民专业合作社的必要性。然后笔者分别阐明了土地承包经营权入股的三种实践模式的优劣,并对三者进行了分析比较。最后笔者提出了土地承包经营权入股农民专业合作社法律上的困境并在此基础之上提出了相关的完善建议。文章的主要内容如下：第一,结合我国现阶段土地流转所出现的问题阐述了土地承包经营权入股合作社的理论基础与现实依据并对分析了其制度构建的必要性,最终总结出以合作社为平台进行土地承包经营权流转是可行、必要的。第二,对我国实践中曾经出现过的几种土地承包经营权入股的典型模式进行了总结,阐明了各种模式的优劣,并在此基础之上对这几种入股模式进行了分析比较,最终得出合作社模式最为理想。第三,虽然土地承包经营权入股农民专业合作社有相关理论及政策法规的支持,而且其跟其他几种入股方式相比具有诸多优点,但鉴于我国相关法律制度的设计并不完善,阻碍了这一模式在实践中的推广进度,提出了目前农地入股合作社所面临的法律上的困境。第四,基于前一部分提出的法律问题,笔者对每个问题进行了相应的分析,并提出了相关完善建议。