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RAD测序技术是近年来进行SNP开发和利用最为有效的高通量测序技术之一,然而迄今为止,在中国家兔地方群体遗传资源方面,尚未见报道。因此,将这种SNP标记开发技术引入到家兔遗传育种行业,实现大数据测序,为家兔群体遗传研究和培育提供新的技术支持。试验以6个地方家兔品种(九嶷山兔、万载兔、四川白兔、云南花兔、福建黄兔、闽西南黑兔)和2个引进家兔品种(新西兰兔、比利时兔)为研究对象,共73个样品,利用RAD测序技术对常染色体和Y染色体进行高通量测序,基于检测到的SNPs信息进行各品种之间的遗传关系研究以及选择压力分析。经高通量测序平台Illumina HiSeq3000测序共检测到7717345个SNP位点,各群体SNP数量从4147507个到4626057个变化不等。常染色体进化树结果表明,各家兔品种独自聚为一类,分群明显。中国家兔地方品种中,万载兔与闽西南黑兔遗传关系最近,然后依次与四川白兔、福建黄兔、九嶷山兔聚类,亲缘关系依次变远。中国家兔地方品种与外来引进家兔品种(新西兰兔、比利时兔)遗传关系较远,属于不同的类群,推断中国家兔并非起源于欧洲,中国可能是家兔起源和驯化最早的地区之一。中国家兔地方品种中的福建黄兔、九嶷山兔、闽西南黑兔、云南花兔血液复杂,曾引进过多种家兔血液,万载兔、四川白兔血液单一。Y染色体结果表明,万载兔和闽西南黑兔亲缘关系最近,然后与四川白兔聚为一类,此结果与常染色体分析结果一致,与外群家兔遗传关系较远,再次证明中国家兔并非起源于欧洲,中国可能是家兔起源和驯化最早的地区之一。福建黄兔、云南花兔、九嶷山兔亲缘关系与常染色体存在差异,有待进一步研究确定。比利时兔、新西兰兔、万载兔、四川白兔、闽西南黑兔血液组成虽然比较复杂,但存在一种主血液,福建黄兔、云南花兔、九嶷山兔血液最复杂且没有主血液,推断可能曾进行过广泛且频繁的基因交流,与常染色体分析结果一致。家兔Y染色体的群体遗传分析与常染色体结果基本吻合,为家兔群体遗传关系的推断提供了良好的辅助作用。以新西兰兔作为外群,将6个地方品种与其进行受选择压力分析,福建黄兔筛选到26个基因,九嶷山兔筛选到17个基因,闽西南黑兔筛选到31个基因,四川白兔筛选到31个基因,万载兔筛选到45个基因,云南花兔筛选到0个基因。各基因参与机体代谢及功能调控过程,影响各个家兔品种的性状及生产性能。找到长期育种工作保留下来的地方品种优良基因,对后期的育种工作提供很好的参考。在以后的育种过程中,仍要对育种群体保持一定的选择压力,继续改善育种群体的优良性状,更加注重科学地保护与利用。