牛奶中微生物污染威胁人类健康,存在安全风险。随着对乳品需求量日益增加,乳品安全问题成为社会关注的焦点问题。本研究选择我国北京、内蒙古、山东、广东地区的小型(存栏1-199头)、中小型(200-499头)、中型(500-999头)和大型(1000头以上)共160个牛场进行生鲜乳采样,春夏秋冬每个季节采一次,共计560个样品。对原料乳中的菌落总数、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、蜡样芽胞杆菌、沙门氏菌、单增李斯特菌及弯曲杆菌以等食源性致病菌污染状况及影响因素进行评估和分析,应用16SrDNA高通量测序方对生鲜乳中微生物的多样性进行研究。1..对560份生鲜乳样品中菌落总数及其影响因素进行分析,结果显示,91.25%生鲜乳菌落总数符合国家标准,40%达到欧美国家标准。牛场规模、季节、乳房炎显著影响生鲜乳菌落总数(P<0.05),中小型牛场中菌落总数显著高于其他牛场,夏季显著高于其他季节,三个月之内有乳房炎病史的牛场中生鲜乳菌落总数显著高于未发生过乳房炎的牛场。2.对560份生鲜乳样品中的金黄色葡萄球菌和大肠杆菌进行检测分析,检出率分别为50.36%和44.27%。小型牛场和中小型牛场的生鲜乳中金黄色葡萄球菌和大肠杆菌的发生率显著高于大型牛场(P<0.05);夏季显著高于冬季(P<0.05);日挤奶频率和挤奶设备清洗频率显著影响生鲜乳中金黄色葡萄球菌的发生率(P<0.05),并随其频率的增加而减少;奶罐贮存温度越低大肠杆菌的发生率越低(P<0.05)。生鲜乳中菌落总数与金黄色葡萄球及大肠杆菌呈正相关(P<0.05)。3.选择内蒙古地区40个不同规模牛场,每个季节采样一次,共计160个生鲜乳样品,检测分析蜡样芽胞杆菌的发生率及其影响因素。结果显示,内蒙古地区生鲜乳中蜡样芽胞杆菌发生率为34.38%。冬季发生率(15%)显著低于秋季(32.5%)、春季(40%)和夏季(50%)。牛场规模、是否加入牛群改良(DHI)、挤奶频率和挤奶设备清洗频率对生鲜乳中蜡样芽胞杆菌的发生率没有影响。4.560份生鲜乳样品中单增李斯特菌、沙门氏菌和弯曲杆菌的检测率分别为1.96%、2.32%和1.61%。内蒙古地区样品中单增李斯特菌发生率最高;北京、内蒙古和山东样品中沙门氏菌发生率比广东高;广东地区弯曲杆菌发生率最高。从季节来看,夏季致病菌发生率高于其他季节。5.对生鲜乳样品进行高通量测序进行牛奶中微生物多样性的研究发现,相比高菌落组的生鲜乳,菌落总数水平低的生鲜乳微生物多样性较高。菌落总数低和菌落总数高的生鲜乳中的主要细菌分别是不动杆菌属(Acinetobacter)和寡养单胞菌(Stenotrophomonas)。综上,我国不同地区的生鲜乳微生物质量污染程度较低,90%以上达到我国标准,目前我国执行的生乳标准符合我国奶业发展现状。有8.75%样品菌落总数超标,我国生鲜乳存在一定的微生物污染风险。菌落总数低和菌落总数高的生鲜乳中的主要细菌分别是不动杆菌属(Acinetobacter)和寡养单胞菌(Stenotrophomonas)。生鲜乳中致病菌检测发现金黄色葡萄球菌、大肠杆菌和蜡样芽孢污染较严重,特别是金黄色葡萄球菌是我国生鲜乳中发生率最高的致病菌,单增李斯特菌、沙门氏菌和弯曲杆菌在生鲜乳中不可避免,属于低风险致病菌。我国内蒙古和山东地区生鲜乳中微生物污染较严重,中小型牛场致病菌污染风险最高,夏季是致病菌的高发季节。地区、季节、牛场规模、奶罐贮存温度、挤奶频率、清洗频率、乳房炎、DHI与生鲜乳中微生物污染相关。建议推进规模化养殖,加强牛场饲养和卫生管理,增加挤奶和挤奶设备清洗次数,保持牛舍干燥卫生。