农业是人类赖以生存和发展的基础，科学技术是第一生产力，农业科技进步是推动农业发展的有效手段。增加农业科技投入是2012年“中央一号文件”的亮点，农业经济问题一直以来都是“三农”问题的聚焦点之一。通过协整理论分析的结果，能够得出一个较准确的结论和预测，本文利用协整检验方法就是为了能够更准确得出经济结论和预测效果。黑龙江省是我国的农业大省之一，垦区经济发展具有先进性和代表性，因此本文将通过对黑龙江垦区农业科技投入总体现状（总量、结构、强度）、科技投入主体与客体、投入资金的运用等全面分析，并基于协整理论对黑龙江垦区农业科技投入现状进行单位根检验、协整分析、Granger因果关系检验等进行定量分析，得出黑龙江垦区农业科技投入与农业经济增长的关系，并建立C-D生产函数得出黑龙江垦区农业科技进步贡献率，建立时间序列模型预测黑龙江垦区农业科技投入的总量，促进农业经济全面可持续发展。定量与定性分析相结合，理论分析与实证分析相结合，总结分析黑龙江垦区农业科技投入存在的问题，其中包括资金投入总量不足、结构不合理、科技进步贡献率不稳定、科技投入与农业经济增长非反馈机制等，问题的成因主要从农业科技投入的客观因素、体制因素和政策因素三方面进行分析，总结近年来国内外科技投入发展情况和经验教训，以此为提出加大黑龙江垦区农业科技投入对策作借鉴依据，基于黑龙江垦区农业生产情况、黑龙江省情及我国的基本国情，结合黑龙江垦区农业科技投入存在的问题及问题成因，提出加大黑龙江垦区农业科技投入的对策，完善农业科技投入体系、加强农业科技投入管理、优化农业科技投入环境。目的是使黑龙垦区农业科技投入与农业经济增长能够达到可持续健康发展的状态，并形成一种二者相互促进的良性循环机制，从而真正达到科技兴农的目标，促进农业经济增长，推动黑龙江垦区农业经济和农业科技投入相辅相成，健康可持续发展。