随着《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号,以下简称“59号文”)和《企业重组业务企业所得税管理办法》(国家税务总局公告2010年第4号,以下简称《办法》)的出台,企业重组业务中的涉税处理困惑变得明朗起来。在实践中,企业依据不同的交易情形,自主选择适用一般性税务处理和特殊性税务处理方式,从而获得不同的计税基础,最终实现递延缴纳企业所得税或不缴税的目的。但由于实现企业重组的方式较多,重组过程充满了不确定性,因此,企业的管理者不仅要充分认识特殊性税务处理方式的价值,而且还需掌握税法对特殊性税务处理的规定并灵活运。只有这样才能降低企业在交易中的税务风险,达到合理节税的目的,从而促进企业产业结构的优化升级、转变企业的发展方式,维持企业经济效益的稳定增长,使企业走上可持续发展的道路。但在实践中特殊性税务处理的方式却被很多纳税人误用,除了纳税人对相关规定的理解和运用存在一些偏差外,更主要的原因在于虽然我国在“59号文”中对一般性税务处理方式进行了罗列,针对特殊性税务处理设计了备案制度,但由于在税制操作层面的粗疏设计,使得税务机关实践时缺乏确权标准,特殊性税务处理的结果往往取决于税务机关的自由裁量。同时“59号文”第二条对股权支付规定的不清晰,造成对“其控股企业”存在着不同的解释。虽然《办法》明确将其解释为本企业直接持有股份的企业,但该解释却是值得商榷的。这一解释虽然解决了“59号文”的文字歧义,但笔者认为,收购方以自己所持子公司股份作为支付对价,不符合特殊性税务处理的条件。因为收购方母公司以自身股份作为交易对价,被收购企业的股东通过持有收购方的股份,从而能间接控制收购方原股权所代表的法人财产,从而能运用管理权、表决权等相关股东权利,进而保证了权益的连续性。但如果将收购方子公司的股份作为支付对价,则不能保持目标企业的权益连续性。且会引发重组双方通过设立“资金池”的子公司充当支付对价,将应税重组交易转变为特殊性重组交易的情形。“59号文”与《办法》共同构成我国股权收购制度比较重要的法律渊源。它们将美国的企业重组所得税制度作为重要参考,首次明确规定了股权收购的特殊性税务处理规则,掀开了我国企业重组税制的新篇章。但其仍然存在很多不完善之处,须结合我国国情作出进一步分析。本章针对前文所提出的“59号文”与《办法》在股权收购制度中存在的问题,结合美国“三角重组”税法规则,尝试着提出完善它的建议。