专利侵权司法实践中,侵权责任的承担业已陷入举证责任分配不均、法定赔偿适用率畸高、赔偿数额偏低的困局。为切实有效遏制恶意侵权的行为、弥补制度供给之不足,我国专利法中有必要引入惩罚性赔偿制度。从专利侵权中适用惩罚性赔偿制度的历史定位及理论发展来看,功能定位的差异,对专利侵权惩罚性赔偿适用要件的选择及数额确定方式均具有决定性影响。当下,填补性功能的历史定位已无法解决“赔偿数额低”等现实问题,植根于报复主义理论的惩罚功能及立足于功利主义理论的遏制功能逐渐为理论界与实务界所接受。然而惩罚性赔偿中的“惩罚性”表述,容易模糊其功能定位中的遏制功能。实际上,鉴于惩罚性赔偿的责任规则属性,创新活动的连续性及规避设计现象的广泛存在,表明我国专利侵权惩罚性赔偿制度在适用时应当以遏制定位为主,尽量淡化惩罚色彩。准确定位惩罚性赔偿制度的功能,有助于厘清惩罚性赔偿在专利侵权中的适用要件及数额计算问题。惩罚性赔偿在专利侵权中的具体适用应当严格区分实体要件与程序要件、责任成立与责任承担。从程序要件的适用而言,若原告未在一审法庭辩论终结前主动提出惩罚性赔偿请求权,则法院不得主动援引惩罚性赔偿条款;惩罚性赔偿与填补性赔偿属于同一法律关系,前者以后者为计算基准,因此惩罚性赔偿请求权不宜脱离填补性赔偿请求权单独提出。实体要件的适用包括以下三个方面:一是“故意”的认定,二是“情节严重”的判断,三是赔偿数额的确定。“故意”分为“实际知道”和“应当知道”两种情形,需重点考察侵权人在侵权行为结束前是否与权利人磋商过许可事宜,是否收到过权利人发送的告知函或投诉信息,是否因同一涉案专利被起诉或参与和解等。“情节严重”应特指侵权人知道涉案专利后,未能尽到谨慎注意义务,需重点考察侵权人是否主动征求过合格律师的意见,有无提起涉案专利无效之诉等。惩罚性赔偿金的裁量因素包括但不限于:侵权人是否以侵权为业,侵权行为的次数,被告的偿债能力等。综上所述,专利侵权中的惩罚性赔偿以遏制侵权为主要功能,兼顾惩罚性。在专利侵权的适用时,应当严格限定惩罚性赔偿制度的适用条件,尽量细化惩罚性赔偿金的裁量因素,并协调惩罚性赔偿制度与其他制度之间的关系。