本文以中间球海胆（Strongylocentrotus intermedius）、光棘球海胆（S. nudus）及其杂交的F₁代为材料,通过分子标记、构建遗传连锁图谱及基因表达差异等分子遗传学技术对两种海胆杂交产生的包括杂交优势在内的遗传变异进行了相关的研究,为海胆杂交育种提供了遗传学依据。主要内容包括:1杂交海胆的分子鉴定及生物学性状特征。1.1从24对SSR引物中筛选出一对,能对父母本和杂交种的基因组DNA进行有效扩增,并且扩增条带清晰稳定。利用杂交海胆中同时拥有父母本的互补带型,对杂交海胆进行了分子鉴定。1.2杂交海胆的外部形态特征介于双亲之间,正反交的F₁代壳色、棘色等形态特征接近,都有两种表型（一种壳为紫褐色,棘发白、尖部略紫;另一种壳和棘均为紫色）,并且两种表型所占比例不同,壳径在1cm左右时正交F₁代（中间球海胆♀×光棘球海胆♂）中为74.0%和26.0%,反交F₁代（光棘球海胆♀×中间球海胆♂）中各占68.1%和31.9%;壳径3cm左右时正交F₁代为77.2%和22.8%,反交F₁代各占70.5%和29.5%。正交F₁代的生殖腺重、壳径、体重等平均值都比母本具有不同程度的优势,有的时间达到显著水平。有近10%的杂种生殖腺颜色不如母本鲜艳。2杂交海胆（中间球海胆♀×光棘球海胆♂）群体多样性的AFLP分析及AFLP标记与数量性状的相关性分析。2.1对光棘球海胆（NU）、中间球海胆（IN）及其杂交的F₁代（中间球海胆♀×光棘球海胆♂）（HYb,HYc两种表型）3个群体进行了AFLP分析,并根据遗传距离进行了个体聚类分析。结果表明:3个群体的多态位点比例分别是:81.99%,80.51%和95.95%。香农多样性指数分别为:0.2331±0.1273, 0.2005±0.1385和0.2625±0.1067。遗传相似度分别为: 0.6876±0.0523, 0.6501±0.0548和0.6552±0.0553。分子方差分析（AMOVA）分析结果表明,变异来源有25.39%来自群体间,有74.61%来自群体内。尽管杂交海胆在表型上可以明显分成两种类型,但是通过AFLP统计的遗传距离进行的个体聚类却聚在一起,不能分成两个群体。2.2对杂交海胆的生殖腺、壳径、体重、棘长等数量性状与AFLP标记进行