985高校和中科院作为我国知识创新体系的两个核心主体，如何推进双方的合作，提升国家知识创新体系的整体效能，越来越受到关注。本研究通过对985高校与中科院1978-2012年期间发表在SCIE数据库上的科研论文进行分析，主要包括两者合作论文规模的发展趋势，合作领域的分布趋势、合作机构的分布趋势、合作城市的分布趋势以及合作论文影响力的变化趋势，并与非合作论文进行比较。以实证和定量的方法，全面呈现985高校与中科院科研合作的发展历程及其变化趋势，有利于进一步深化对双方科研合作历史和现状的认识，有利于更加科学地定位存在的问题，有利于在现有体制框架下制定更具针对性的推进双方合作的政策。研究发现：985高校与中科院科研合作论文的增长趋势表现出明显的阶段性特征；985高校与中科院合作论文的学科分布与机构分布的集中度都很高；合作论文的地域分布呈分散化趋势，至2012年已经分布于全国的29个城市；985高校与中科院合作论文的影响力高于非合作论文。