【摘 要】
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HLA区域是迄今已知的人类最复杂、基因密度最高的区域.HLA基因的多态性不仅可用来作为遗传标志研究人类的起源、进化及迁移,还可以研究某一位点在一群体中所受的自然选择压力
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HLA区域是迄今已知的人类最复杂、基因密度最高的区域.HLA基因的多态性不仅可用来作为遗传标志研究人类的起源、进化及迁移,还可以研究某一位点在一群体中所受的自然选择压力情况.该研究就是通过研究HLA-DR表达基因的单核苷酸多态性,进而揭示基因的进化力量.我们随机选择了来自不同民族的69个样品,通过PCR产物直接测序法,研究了HLA-DRA基因调控区,第一外显子,第一内含子,第二外显子上的多态性.在长为2093bp的范围内共发现了32个SNPs位点,调控区15个,第一外显子1个;第一内含子16个:第二外显子没有,平均每65bp出现一个SNP.在这32个SNPs当中,有一个位于启动子的保守区W盒内,还有一个非同义突变.与dbSNP数据库相比,有17(53％)个SNPs是新发现的.第一外显子和第二外显子物种间的Ka/Ks研究结果显示,Ka均小于Ks,说明第一,第二外显子受负选择.Taiimas D,Fu and Lis,Fay and Wu及HKA检验结果显示调控区和第一内含子受中性选择.与DPAl,及DQAl基因相比,DRA基因的第二外显子显示出了很强的保守性,这可能暗示DRA基因除了参与抗原Ⅱ类分子的构成外,还具有其它功能,这种功能的执行不允许该基因第二外显子编码的蛋白有任何的改变.同时,我们还研究了HLA-DRB的4个表达基因的调控区,通过PCR产物直接测序法,我们共发现了72个SNPs:DRBl基因45个,DRB3基因¨个,DRB4基因6个,DRB5基因l0个,平均每56bp出现1个SNP.在这72个SNPs位点中,有一个3等位基因和3个非同义突变(cSNPs).与dbSNP数据库比,70(97.2%)个SNPs是新发现的.除SNPs外,我们还在DRBl基因中检测到一个3碱基的插入/缺失和两个单碱基的插入/缺失.中性检测结果显示DRBl,DRB3基因的调控区受hitchhiking效应,表现出强烈的平衡选择.DRB4基因的调控区也表现出明显的平衡选择,这种选择压力有可能作用于调控区本身,也有可能是作用于与其相邻的外显子,通过hitchhiking效应影响到该区域.DRB5基因的第一外显子受很强的正选择,其调控区通过hitchhiking效应,也表现出明显的正选柽.
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