凡纳滨对虾是亚洲重要的经济水产品之一。随着经济虾类在我国的不断推广，各类病毒引起的传染性疾病已成为阻碍其发展的重要因素，其中最典型的有白斑综合症病毒（Whit spot syndrome virus, WSSV），斑节对虾病毒（Penaeus mondon nudivirus, PmNV），桃拉病毒（Taura syndrome virus, TSV），黄头病毒（Yellow head virus, YHV）和传染性皮下及造血组织坏死病毒（Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus, IHHNV）。水体理化因子影响对虾生长和疾病暴发。本文通过对上海虾塘对虾和水体理化因子的采集，分析检测 IHHNV及其全基因组，探索水体理化因子与IHHNV感染和增值间的规律关系。　　通过PCR检测发现在整个养殖期内都有发现IHHNV感染。在采集的10组样品数据中，有6组IHHNV的感染率超过80％，其中5组样品IHHNV的感染率为100%。为了探究IHHNV的病毒来源，在供应养殖用水的河流内采集了25只野生的罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii），用IHHNV389F/R引物检测发现21只罗氏沼虾都感染IHHNV。表明IHHNV在野生虾和养殖虾之间的传染是非常广泛的。　　通过SPSS软件分析发现，水体理化因子中，水温、盐度和pH与IHHNV传染率有中度相关性，溶氧量与IHHNV传染率有低度相关性，通过Origin软件分析建立起 IHHNV传染率与理化因子的数学关系式，通过计算给出的最优理化条件为：水温=30℃，pH=8.00，溶氧量=18.32mg/L,盐度=1.5‰。　　根据实时荧光定量PCR定量虾体中 IHHNV的拷贝数，并分别与养殖水体的pH、温度和盐度进行单因素相关性分析，发现IHHNV拷贝数与pH和温度具有显著相关性，与盐度相关性较低。线性回归分析结果表明，IHHNV拷贝数与pH和温度具有二元线性关系，IHHNV的拷贝数随着pH和温度的增大而减小。这预示着在对虾养殖中，控制好pH值和水温有利于抑制IHHNV的增殖。　　获得两条上海地区 IHHNV全基因组序列（SH-1和SH-2），分别为3903bp和3835bp，A+T含量分别为56.9%和56.8%，这两条全基因组包含三个开放式阅读框：ORF1(NS-1)，长度为2001bp；ORF2(NS-2)，长度为1092bp；ORF3(蛋白质外壳)，长度为990bp。通过与Genbank库中的其他IHHNV全基因组的核酸与氨基酸比对分析发现，上海IHHNV序列与侵染性IHHNV具有较高相似性，并在基因组的5端和3端发现三条与其他IHHNV基因组相同的重复序列，分别为dtr(63bp)，tr(21bp)，pr-1(9bp)。其中，八条IHHNV全基因组含有dtr，dtr与斑节对虾全基因组内IHHNV相关序列有83%相似度。从系统发育分析可以看出上海的IHHNV序列更接近于射阳、赣榆的IHHNV序列，而不是福建IHHNV序列，表明IHHNV在中国的传播是多起源的。　　IHHNV近年来被分类为细小病毒科(Parvoviridae)，浓核病毒属(Brevidensovirus)，并被认为是线性单链DNA分子。本文通过对IHHNV全基因组中dtr和IHHNV77F/595R引物获得的PCR结果的分析表明IHHNV为环状DNA，与Parvoviridae其他种属的线性DAN不同，暗示IHHNV是一种新种属。