2011-2017年上海市风疹病毒分子流行病学研究

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目的:分析2011-2017年上海市风疹病毒(rubella virus,RV)野毒流行株的分子流行病学特征。方法:对2011-2017年期间上海市麻疹风疹监测中发现的符合《上海市麻疹风疹监测方案》中所规定病例定义的疑似麻疹或风疹病例采集咽拭子标本,进行麻疹风疹双通道荧光定量聚合酶链反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)检测,检测结果为麻疹阴性、风疹阳性的标本进行RV分离。用逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)对细胞培养产物鉴定后扩增病毒E1基因,扩增产物用于核苷酸序列测定,并进行分子流行病学分析。结果:2011-2017年间共分离到417株RV,获得其中393株RV的739个核苷酸(nucleotide,nt)(nt8 731~nt9 469)序列。序列同源性分析表明,393株RV分离株分别属于两个不同的基因型,124株为1E基因型,与来自中国的参考株(RVi/Shandong.CHN/0.02/)亲缘性关系更近,其他分离株均为2B基因型,5株分离株在2B基因型中成一个独立小分支。393株RV分离株大部分的核苷酸突变为无义突变,氨基酸(amino acid,aa)序列高度保守,除1株外所有1E基因型RV分离株在E1蛋白aa338位点发生相同突变(亮氨酸→苯丙氨酸),而2B基因型分离株以及其他基因型WHO参考株在该位点均未发生改变。结论:2011-2017年期间上海市存在两种不同基因型RV流行,其中2011-2013年1E基因型为优势基因型。继2011年首次监测到2B基因型RV后,便持续存在流行,并自2014年起成为上海市的优势基因型。
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