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随着牛基因组图谱的公布和分子生物学技术的飞速发展,从分子水平进行动物育种成为可能,选择方式由只利用表型信息的最佳线性无偏预测(BLUP)传统育种方式逐步向结合标记信息的标记辅助选择(MAS)、基因组选择(GS)的分子育种方式发展,标记的类型也由最初的生化标记发展到单核苷酸多态,研究所选基因的效应也成为热点。动物的生长和肉质与脂肪的积累有密切的关系,本研究利用生物信息学和分子生物学相结合的方法,分离和克隆了牛的5个基因,获得了相关信息,取得了如下结果:1以人的cDNA为查询序列,从GenBank中搜索牛的同源EST,根据EST拼接成的连接群(contig)或人的cDNA设计引物,从牛的基因组中分离了5个基因的部分或全长片段。这5个基因分别为:酰基丙二酰凝集酶1 (AMAC1)、乙酰辅酶A酰基转移酶1(ACAA1)、乙酰辅酶A酰基转移酶2(ACAA2)、酰基辅酶A脱氢酶家族8(ACAD8)和酰基辅酶A脱氢酶, C-4至C-12直链(ACADM)。2采用RT-PCR和RACE技术,获得了AMAC1,ACAA1、ACAA2、ACAD8和ACADM的cDNA全长序列,推导了相应的氨基酸序列,并与相近的物种进行了比较。这5个cDNA序列已递交到GenBank,登录号分别为:EU025856,EF576938,EF583004,DQ435444和EU009460。3采用PCR-RFLP和AS-PCR方法检测了AMAC1,ACAA1、ACAA2、ACAD8和ACADM等5个基因共7个SNP,分析了各个SNP在不同品种中的基因频率和分布差异。4用通用线性模型对所发现的SNP与生产性状进行了关联分析,结果发现:AMAC1基因C201T位点和C291T位点,ACADM基因A2009G位点没有发现与生产性状有关联(P>0.05);ACAA1基因A1066G位点与眼肌面积有关联(P<0.05),AA型最高,AG型次之,GG型最低,AA型与GG型差异显著(P<0.05);ACAA1基因A1452G位点与眼肌面积有关联(P<0.05),GG型最高,AG型次之,AA型最低,GG型与AA型、AG型与AA型差异显著(P<0.05);ACAA2基因A33119G位点与日增重和眼肌面积有关联(P<0.05),AG型的日增重显著高于AA型(P<0.05),AA型和AG型的日增重即显著高于GG型(P<0.01),AG型和AA型眼肌面积差异不显著(P>0.05),但都显著低于GG型(P<0.05);ACAD8基因A13408G位点与日增重和嫩度有关联(P<0.05),3种基因型间日增重和嫩度均两两显著(P<0.05),日增重最高为GG型,AG型次之,AA型最低,嫩度则相反,AA型最高,AG型次之,GG型最低。肉质性状,特别是感官性状,虽没有一个非常清晰的经济价值,但消费者的消费倾向和肉的风味却与之密切相关,成为育种目标的重要组成部分。本研究利用12个家系5000多头长白、大白和杜洛克三元杂交的商业群体,采用方差组分分析方法对6个肉质性状进行了QTL连锁分析。497个SNP标记用来构建连锁图谱,平均间隔5.48 cM。连锁分析结果表明:在5%染色体水平上共检测到37个影响肉质性状的QTL,其中5个QTL影响DRIP,9个QTL影响L*,5个QTL影响PHI,6个QTL影响PHK,8个QTL影响a*,4个QTL影响b*;其中12个QTL在5%基因组水平上显著。大多数QTL能够解释表型方差的1-2%,有4个QTL解释的表型方差大于4%,分别为SSC2上影响DRIP的QTL,SSC6上影响PHI的QTL、SSC6上影响PHK的QTL和SSC1上影响b*的QTL。一些相关性状在某些染色体上具有非常相似的QTL曲线,影响这些性状的QTL效应之间的相关均为高度相关,表明可能这些性状受同一个基因控制。绝大多数的QTL在约3或4个家系中分离且95%置信区间较宽(>30 cM)。针对这些基因组扫描的结果提出了进一步精细定位的策略。