嗜酸乳杆菌是一种在食品工业中广泛应用的益生菌,然而嗜酸乳杆菌对抗生素敏感,在实际应用中易失去活性。因此本课题应用全基因组测序技术,研究嗜酸乳杆菌在氨基糖苷类抗生素中的耐药性及相关表型特性,为嗜酸乳杆菌与氨基糖苷类抗生素的联合使用提供基础。1.嗜酸乳杆菌耐药性研究。通过宏量稀释法观察嗜酸乳杆菌对氨基糖苷类抗生素的耐药性,结果显示,嗜酸乳杆菌原始菌株对庆大霉素、卡那霉素,链霉素和新霉素均敏感,通过实验室进化方法,构建高耐药的嗜酸乳杆菌。在抗生素选择压力下,嗜酸乳杆菌对庆大霉素、卡那霉素,链霉素和新霉素的MIC值分别增加到4μg/mL、128μg/mL,512μg/mL和16μg/mL,其耐药性与原始菌株相比,分别提高32倍,64倍、512倍和64倍;在去选择压力下继续进化时,除嗜酸乳杆菌对庆大霉素的耐药性保持不变之外,对卡那霉素,链霉素和新霉素的MIC值分别降低至64μg/mL,256μg/mL,8μg/mL,与原始菌株相比,其耐药性仍高于原始菌株。2.嗜酸乳杆菌在氨基糖苷类抗生素中进化的表型稳定性研究。嗜酸乳杆菌进化能够较好的保持细胞形态,菌落形态和菌体生物量,说明对其生物学特性基本无影响。嗜酸乳杆菌在氨基糖苷类抗生素中进化时其产酸能力可以很好地维持,但是嗜酸乳杆菌对果糖、乳糖、纤维二糖、麦芽糖和水杨苷的利用能力发生改变。嗜酸乳杆菌在氨基糖苷类抗生素中的进化引起其益生特性的变化,在抗生素选择压力下的菌株比去选择压力下的的菌株在酸耐受、钠盐耐受性、自凝集能力及细胞疏水性的耐受特性降低,然而在胆盐耐受能力提高,而对苯酚的耐受性几乎无影响。3.嗜酸乳杆菌全基因组测序及其安全性评价。通过对选择压力下和去选择压力下进化至稳定状态的嗜酸乳杆菌进行全基因组测序,鉴定与耐药性及发酵特性和益生特性相关的基因突变。在耐药性方面,共鉴定11个非同义突变,包括7个SNVs和4个SVs。7个SNVs分别为细胞分裂蛋白FtsA、组氨酸激酶双组分系统、碱性膜蛋白（BMP）ABC转运蛋白、特异性纤维二塘磷酸转移酶系统中的转运亚基蛋白,假想蛋白、TatD水解酶和糖转运蛋白,4个SVs包括假想蛋白、尿嘧啶透性酶,ATP合成酶α亚基和心磷脂合成酶。在发酵特性和益生特性方面,共检测到5个与发酵特性和益生特性相关的基因突变,分别为特异性纤维二塘磷酸转移酶系统中的转运亚基蛋白、ECF转运家族S组分、ClC家族H（+）/Cl（-）交换转运蛋白,支链氨基酸转氨酶和ABC转运蛋白ATP结合蛋白。对耐药基因的转移性进行初步分析后,确定其均不在可移动元件上,确认嗜酸乳杆菌是具有安全性,为其以后的应用提供科学依据。