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本论文采用细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因、线粒体细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因、控制区(Control Region,D-loop)序列,以及基因组微卫星标记,对日本鲭(S.japonicus)的11个群体包括:东海海域7个群体(ES-1~ES-7)、黄海海域1个群体(SD)、北太平洋1个群体(BT)、台湾北面海域1个群体(TW)以及1个西非群体(XF)进行分析,研究11个日本鲭群体的遗传多样性、种群结构、以及种群演化历史,以期为日本鲭渔业资源的有效管理和合理开发利用提供基础数据支撑。1.基于COI序列分析11个日本鲭群体的遗传结构通过PCR扩增及测序日本鲭11个群体共获得290条COI序列,共检测到27种单倍型,34个变异位点。序列多样性分析结果显示11个群体的单倍型多样性(Hd)指数为0.61396±0.02588,核苷酸多样性(π)指数为0.00196±0.00043。遗传距离显示,除西非群体外其它10群体间的遗传距离大于0.01,而其他10群体间的遗传距离较小。Fst分析揭示了西非(XF群体)日本鲭群体与其它日本鲭群体存在遗传分化现象,NJ系统进化树与单倍型的网络图发现太平洋海域的10群体聚在一起没有明显的地理群系结构,西非群体单独聚为一支。分子方差分析揭示了将所有群体全部归为一组进行分析,种群间的变异为41.26%,种群内的变异为58.74%,种群内的变异与种群间的变异相差不大。计算得到扩张时间大约发生在13.65万年前,正处于更新世晚期。2.基于Cytb序列分析11个日本鲭群体的遗传结构通过PCR扩增及测序共获得288条Cytb序列,共检测到64种单倍型,90个变异位点。序列多样性分析结果显示11个群体的单倍型多样性(Hd)指数为0.73771±0.002408,核苷酸多样性(π)指数为0.00398±0.00056。遗传距离显示,除西非群体与其它10群体间的遗传距离大于0.02,其他10群体间的遗传距离较小为0.00080~0.00402。Fst分析揭示了西非(XF群体)日本鲭群体与其他日本鲭群体有遗传分化现象,NJ系统进化树与单倍型的网络图发现太平洋海域的10群体聚在一起没有明显的地理群系结构,西非群体单独聚为一支。分子方差分析揭示了将所有群体全部归为一组进行分析,种群间的变异为48.72%,种群内的变异为51.28%,种群内的变异与种群间的变异相差不大。扩张时间大约发生在6.82万年前,正处于更新世晚期。3.基于D-loop序列分析11个日本鲭群体的遗传结构通过PCR扩增及测序共获得288条D-loop序列,共检测到131种单倍型,113个变异位点。序列多样性分析结果显示11个群体的单倍型多样性(Hd)指数为0.9608±0.0064,核苷酸多样性(π)指数为0.01555±0.00114。在得到的控制区序列中,终止序列区识别了3个TAS序列,中央保守区识别了CSB-F、CSB-E和CSB-D,保守序列区识别了CSB-1、CSB-2和CSB-3序列。遗传距离显示,除西非群体与其它10群体间的遗传距离大于0.05,其他10群体间的遗传距离较小为0.0094~0.0160,Fst分析揭示了XF群体和以上10个群体间的遗传分化均达到很高水平且显著,NJ系统进化树与单倍型的网络图发现太平洋海域的10群体聚在一起没有明显的地理群系结构,西非群体单独聚为一支。分子方差分析揭示了将所有XF群体与其他10群体分为两组进行分析,组间的变异为77.19%,种群内的变异为22.35%,变异主要来源于组间差异。扩张时间大约发生在10.83~21.67万年前,正处于更新世晚期。4.日本鲭10对多态微卫星引物的开发及跨种扩增本研究采用RAPD-PCR法共开发了10对多态微卫星引物。共获得99个等位基因,片段长度范围为135~325 bp,每个位点上观测等位基因数在4~17。每个位点的多态信息含量(PIC)为0.3931~0.893之间,观测杂合度在0.2759~0.8621之间,期望杂合度在0.4307~0.9177之间。只有一个位点呈中度多态,其余9个位点都高度多态性。有2个位点偏离哈-温平衡,这10对多态性微卫星引物其中9对可以对澳洲鲐中进行有效的扩增,为日本鲭群体遗传多样性的评价,种质鉴定及渔业资源的管理及保护提供了理论依据与基础。5.基于9对多态微卫星引物分析10个日本鲭群体的遗传多样性本研究,共选取了9个多态性微卫星标记,对10个日本鲭群体的遗传多样性和种群结构进行分析。在10个群体中共检测到151个等位基因,每个位点的等位基因数为11(SJ-45)~26(SJ-30)之间。平均等位基因最高的为SD群体(Na=10.33),最低的是TW群体(Na=6.00)。所有群体的平均期望杂合度(He)都大于平均观测杂合度(Ho)。10个群体的平均多态信息含量在0.6315~0.7469之间,9对引物10个群体90个组合中有80%的组合不偏离哈温平衡。Fst与UPGMA聚类分析表明,10个群体不存在明显的地理谱系结构,相距甚远的SD群体与ES-1聚为一支以及ES-6、ES-7和BT聚为一支。日本鲭10群体间的Fst遗传分化系数较小。AMOVA分子方差分析表明:表明96.55%的变异来自群体内部,群体间的变异只占3.45%,变异主要来源于群体内部。