因果关系是民事侵权责任体系的构成要件之一,功能在于为侵权行为的归责提供事实上的因果链条。在民事侵权诉讼中,因果关系的认定对于惩罚加害人和救济受害人至关重要。环境侵权行为是一类特殊的民事侵权行为,环境侵权因果关系也是一类特殊的复合型侵权因果关系。环境侵权行为与传统的民事侵权行为相比并无本质上的差别,但是由于环境要素在侵害流程中起到了媒介的作用,导致环境侵权因果联系事实上包含了两层关系：一是加害行为与环境要素污染之间的直接因果关系,二是环境要素污染与受害人受损之间的因果关系。因果关系流程的偏转、环境容量赋予的自净能力以及损害后果出现时间上的滞后性导致环境侵权因果关系具有间接性、隐秘性、复杂性、证明的困难性以及判断认定上的价值性等特点。这些特点给环境侵权因果关系的认定带来了难以解决的问题,主要包括侵害流程的难以理清、科技局限的难以规避、举证责任的难以分配以及证明标准的难以突破。要解决好这些难题,实行因果关系的推定是最优模式,但是学界所提出的盖然性因果关系理论、疫因学因果关系理论以及经验法则型因果关系理论等因果关系推定理论,在通过降低证明标准而减轻受害人举证责任的同时,也存在着适用范围有限等不可避免的缺陷。面对复杂的环境侵权案件,因果关系的认定变得异常困难。要规避上述因果关系推定方法适用上的不足,必须在遵循英美法因果关系“两分法”模式的基础之上,明确因果关系的推定是事实上因果关系的推定,但由于情况复杂等因素,在特定情况下还需排除“事实性因果关系一元论”而进行价值判断。在将因果关系推定作为认定环境侵权因果关系的一个基本方法时,还需抛弃加害行为违法性的考虑,在诉讼中设立多级证明标准体系,并适当降低受害人的证明标准。此外,还需将复杂的环境侵权案件进行类型化,以便将环境侵权因果关系进行归类整合,进而可以针对不同类型的因果关系适用不同的推定方法。同时,为了使这些因果关系推定方法能够具有较好的可操作性,还需要格外注意理论本土化以及配套机制的建立问题。