改革开放三十多年来,长三角地区的经济发展水平在全国一直处于领先地位,自主创新水平也居于全国前列,但与世界发达国家相比,长三角地区的自主创新水平仍然偏低。长三角地区要贯彻落实中央的科学发展观思想,要实现经济的可持续发展,要继续在全国保持经济发展的领先地位,就必须进一步提升自主创新能力和水平。目前的长三角经济圈由上海、江苏、浙江和安徽的部分地区组成,城市的规模已扩容到30座。出于历史比较的需要,本研究仅限于传统意义上的长三角地区,即包括上海、江苏、浙江一市两省。长三角地区经济实力雄厚,科研院所、高等学校较多,具有良好的自主创新环境。近10多年来,上海、江苏、浙江在自主创新方面的投入在不断增加,但仍然存在科技资源布局分散,科研机构缺乏有效的沟通和交流,研发投入不足和自主创新人才缺乏等自主创新问题。根据“需求引致创新”等理论,国际技术扩散、市场需求规模、工资上涨、收入差距、研发投入等是影响一个区域自主创新能力和水平的主要因素。本文在分析长三角地区自主创新现状的基础上,利用长三角地区三个省1999-2011年的面板数据,采用知识生产函数计量模型,对影响长三角地区自主创新的上述主要因素进行了实证分析。实证分析的主要结论是：研发资本投入对自主创新具有显著的促进作用,且贡献较大,这说明长三角地区的自主创新主要驱动力在于自身的研发资本投入；FDI渠道的国际技术扩散与长三角地区的自主创新呈显著的负相关关系；出口对长三角地区的自主创新有显著的抑制作用；职工工资总额对自主创新存在几乎没有显著性影响。结合本文实证分析的结果和美国、欧盟、日本等发达国家的经验,长三角地区可以通过采取提高教育质量、建立完善的高级人才引进体系、支持企业研发队伍的培养、继续加大R&D活动的投入、提高技术成果的商业转化率、继续促进经济开放水平的提高等政策措施,以进一步提升自主创新能力。