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辣椒(Capsicum annuum L)为茄科(Solanaceae)辣椒属(Capsicum)的一年生或多年生草本植物,是世界上最主要的蔬菜作物之一。我国辣椒资源丰富,加强对辣椒种质资源的研究,可以提高亲本的选择效率,拓宽辣椒育种材料的遗传基础；明确辣椒种质资源的遗传多样性和亲缘关系,对辣椒种质资源的有效利用和新品种选育具有重要的理论和实践意义。本研究结合形态学标记和ISSR分子标记两种方法,对来自海南、山西、河南、云南、巴西、泰国和英国的81份辣椒种质资源材料进行了亲缘关系的分析,主要结论如下：1、参照《辣椒种质资源描述规范和数据标准》对81份辣椒材料的20个形态学性状进行了观测,结果表明：20个形态学性状的平均变异系数为40.91%,每个性状的变异系数均大于18%,平均Shannon多样性信息指数为6.21,证明本试验所用的的辣椒种质材料形态学特征存在广泛的变异。2、运用SPSS16.0统计软件对20项形态指标进行聚类,在标尺为24处,将81份辣椒种质材料分为了两大类;在标尺为16处,可分为五大类。3、采用改良后的CTAB法提取辣椒材料的基因组DNA,获得了纯度高、质量较好的DNA,满足ISSR标记多样性分析的需要。4、利用正交试验设计优化了辣椒ISSR-PCR反应体系,即20μl反应体系中模板DNA (50ng/ul)40ng.引物(10umol/μl)1.0μl、2×premix Taq(?)10.0μl。扩增程序为：：94℃预变性5min；94℃变性30s,48～57℃退火50s(退火温度随引物的Tm值改变),72℃延伸2min,38个循环；72℃延伸10min,最后于4℃保存。5、从100条ISSR引物中筛选出17条对81份辣椒材料进行ISSR-PCR的扩增,共扩增196条带,多态性条带数为193条,多态性比率为98.5%；各种质间的遗传相似系数在0.449～0.908之间。应用NTSYS-pc2.10统计软件的UPGMA法对81份辣椒种质材料的ISSR扩增结果进行聚类,在遗传相似系数GS=0.74(L1)处,可以将81份辣椒种质材料分为五大类。6、形态标记与ISSR标记的聚类结果绝大部分相符,都可将大部分黄灯笼辣椒(Capsicum chinense Jacquin)、.一年生辣椒中的甜椒(Capsicum annuum var.grossum sendt.)及灌木状簇生椒(Capsicum annuum L.var.fasciculatum sturt.)基本分开,也可将L262和L508这两份辣椒与其他辣椒种质区分开,并且单独把L522聚为一类,这说明两种聚类方法有一定的一致性：但在一年生椒中的长形椒和个别辣椒品种的分类上,二者存在一定的差异。总之,形态标记和分子标记要相互结合,才能全面阐明分类结果,更好的明确供试材料的亲缘关系。