枣cDNA-AFLP技术体系优化及其在抗枣疯病相关基因片段筛选中的应用

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枣(Ziziphus jujuba Mill.)是我国重要的特色果树。枣疯病是由植原体(Phytoplasma)引起的致死性传染病害,对枣产业危害极大。为了更高效的利用已经获得的抗枣疯病种质,利用分子生物学的手段和方法揭示抗病品种的抗病机制并挖掘其抗病基因,对开展抗枣疯病基因工程育种及类似植原体病害研究具有重要意义。本试验利用cDNA-AFLP技术,以感病品种婆枣等为对照,研究了抗枣疯病品种“星光”在植原体侵染前后不同时期的基因表达差异。获得如下结果:1建立了一套适合于枣的改良CTAB-LiCl法提取总RNA的技术体系。针对枣组织中富含多糖多酚的特点,改进了CTAB法,采用β—巯基乙醇和PVP去除酚类,KAc及无水乙醇去除多糖,LiCl沉淀过夜,提取得到的RNA产率高,电泳条带整齐、清晰,A260/A280介于1.8~2.0之间,A260/A230均大于2.0,证明得到的RNA纯度和完整性均较高,蛋白、多糖及酚类等去除较彻底。本试验建立的枣总RNA改良CTAB-LiCl法的提取优化体系为:2.0%CTAB,1.4mol/L NaCl,100 mmol/L Tris-Cl pH8.0,20 mmol/L EDTA pH 8.0,2.0%PVP-40,2.0%β-巯基乙醇。2建立了枣cDNA-AFLP分析的优化体系和反应程序。将得到的全长cDNA用限制性内切酶EcoRI(识别6个碱基位点)与MseI(识别4个碱基位点)酶切,酶切后的cDNA片段带有两种粘性末端,分别连接上与之对应的两种接头,得到代表枣细胞转录图谱且带有接头的cDNA片段池(pool)。使用与接头序列互补的预扩引物对cDNA片段池进行PCR扩增,使cDNA片段池中不同丰度的基因片段都达到一定的浓度。对扩增后的cDNA池定量至1ng/μl,作为选择性扩增的模板。对AFLP选扩反应进行了摸索和优化试验,优化得到的AFLP选扩反应体系为:20μl的反应体系中含5μl模板,2μl 10×PCR buffer,2μl MgCl2(25mM),EcoRI特异性引物(50ng/μl)1μl,MseI特异性引物(50ng/μl)1μl,10mM dNTP 0.4μl,5U TaqDNA Polymerase 0.12μl。反应程序:第一个循环是94℃预变性2min;接着94℃变性30s,65℃退火30s(每个循环降0.7℃),72℃延伸1min,循环13次:然后94℃变性30s,56℃退火30s,72℃延伸1min,循环31次;最后一个循环完成后,再72℃延伸7min。3获得了24条差异表达条带。应用50对AFLP引物对抗病和感病材料接种病原前后的全部cDNA池进行了分析和比对,获得10对能扩增出抗枣疯病品种不同时期与对照样品之间存在差异表达量或者差异表达条带的AFLP引物,共得到24条差异表达的条带,其中,其中10条为诱导性表达,14条为抑制性表达。
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