高温对大黄鱼血清生化指标的影响及相关SNP标记筛选

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本论文以大黄鱼为实验材料,研究了高水温胁迫对8月龄大黄鱼血清皮质醇、血糖和乳酸含量的影响;通过缓慢加热(从25℃升高至36℃),考察了2月龄大黄鱼对高水温的耐受性,并利用特定位点扩增片段测序技术(Specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)对耐高温和不耐高温大黄鱼个体进行了测序分析,通过全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)筛选出与大黄鱼高温相关的SNPs标记。主要结果如下:1、对8月龄大黄鱼高温(33℃)处理2 h后,与对照组(23℃)相比,血清皮质醇、血糖、乳酸含量都显著升高(P<0.05或0.01),这3个指标可作为大黄鱼应对高温胁迫反应的重要指标。2、利用Illumina HiSeqTM2500测序平台,对通过高温胁迫实验筛选到的20尾耐高温和20尾不耐高温大黄鱼进行了简化基因组测序(SLAF-seq),共得到98,620,785条双末端测序读段,测序平均Q30为84.71%,平均GC含量为43.10%。使用SOAP2软件将各个样品数据比对到大黄鱼参考基因组上,双端都比对到基因组上为可靠的reads,以比对到基因组唯一位置的双端序列来做SLAF标签开发,共开发146,560个SLAF标签,每个样品的平均测序深度为10.26×。根据开发得到的SLAF标记统计SNP信息,使用Plink(v1.07)软件对得到的SNP进行质量控制,剔除最小检出率低于80%和最小等位基因频率低于5%的SNP,最终共得到419,211个高质量群体SNP。利用TASSEL软件的一般线性模型(General linear model,GLM)进行全基因组关联分析,结果共筛选到38个与大黄鱼耐高温性状显著相关的SNP位点(P<2.39E-08)。采用Blastx将位点序列与大黄鱼基因组进行比对获得每个SNP位点周围的基因,结果在38个SNPs附近共找到28个已知的功能基因。本研究结果可为大黄鱼耐高温品系的选育提供有用的分子标记。
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