当前,可再生能源补贴政策正向市场化模式发展,为了鼓励可再生能源发展一些国家引入配额制即可交易绿色证书制度,然而绿色证书市场却充满了众多不确定性因素,尤其是绿色证书价格的剧烈波动,使市场参与主体面临收益无法保证的金融风险。尽管如此,可再生能源作为未来传统能源的替代品对其实施市场化有助于产业的技术进步、生产的规模化和集中化,但绿色证书市场应当如何设计才能在竞争的市场中有效的促进可再生能源投资同时降低配额制完成成本,已成为当前可再生能源配额制绿色证书市场中迫切需要研究和解决的难题。基于国内外研究成果的基础上,本文研究了绿色证书市场金融风险并设计长期契约来规避风险。首先介绍了可再生能源配额制发展历程以及配额制的政策目标,分析了我国建立配额制的必要性,归纳了绿色证书市场交易的国际经验。其次,介绍了绿色证书市场风险,构建了绿色证书基本运作模型,应用均衡分析方法对绿色证书市场厂商长短期行为进行了分析,同时对金融约束和投资者预期、以及配额制设计等因素对绿色证书价格波动影响进行了详细的分析。最后,提出通过签订长期契约来促进可再生能源投资,长期契约通过双边拍卖获得,长期契约下绿色证书价格和数量均有拍卖决定。研究结果表明：绿色证书价格波动使投资者对可再生能源发电投资资本偿还变得不确定是导致市场缺乏投资的主要原因。绿色证书长期契约一方面保证了可再生能源发电投资的借款偿还,同时投资者可以获得稳定的合理利润；另一方面配额义务可以持续获得低与罚金价格的绿色证书完成义务。长期契约不仅提高了双方福利,而且能很好的分散绿色证书市场中由于信息不对称、过度投资等众多不确定性因素所产生的绿色证书价格风险,有利于绿色证书形成平稳价格最终达到绿色证书市场稳定运营。