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恙虫病是经恙螨叮咬传播的一种自然疫源性疾病，其病原体为恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi，Ot)。长期以来，恙虫病仅在我国长江以南广大地区流行，自1986年在长江以北的山东、江苏地区发现恙虫病流行后，疫区不断向北、向西扩展，严重威胁人民群众健康。然而内蒙古地区至今尚无该病报道，新疆仅有一篇Ot血清学调查报告。本研究的目的是调查内蒙古、新疆地区是否存在Ot自然感染，并探讨这两个地区Ot与其他地区Ot基因序列之间的变异和亲缘关系。在内蒙古、新疆地区选点，应用间接免疫荧光法(IFA)检测Ot-IgG抗体，结果显示两个地区人群血清Ot-IgG抗体阳性率分别为11.11％(13／117)和11.56％(34／294)。多因素Logistic回归分析结果显示，男性感染Ot的相对危险度高于女性(OR=7.150)，乌鲁木齐市乌拉泊三队感染Ot的相对危险度高于米泉市三道坝镇(OR=9.698)。采用巢式PCR方法对内蒙古、新疆地区鼠类脾脏进行检测，Ot感染率分别为3.57％和2.50％；在内蒙古收集的168只鼠中，黑线姬鼠占34.5％，且有2只鼠Ot-Sta56基因扩增阳性，提示黑线姬鼠为当地优势带菌鼠；恙螨调查显示，内蒙古地区鼠类带螨率为6.82％，恙螨指数为0.49，在收集到的108只恙螨中，居中纤恙螨104只，无前恙螨属恙螨4只，提示当地9月份鼠体外以居中纤恙螨为优势螨种。将内蒙古、新疆地区扩增阳性标本的Ot-Sta56基因序列与收集到的其他地区Ot进行比较，结果显示内蒙古N59、N69、新疆X33及广东、东北分离株属Karp型；内蒙古N90属Oishi型；山东分离株和病人焦痂属Kawasaki型；内蒙古N65、N88处于独立的分支上。另外，对N65 Ot-Sta56全基因序列分析结果进一步支持了上述结论。提示N65 Ot-Sta56基因序列发生了较大变异。本研究证实内蒙古、新疆部分地区人群、鼠类中存在Ot自然感染，并且内蒙古地区部分Ot-Sta56基因序列发生较大变异。