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迄今长江三峡库区开展鱼类人工增殖放流已10余年,持续监测其渔业资源的变化显得尤为重要。对渔业资源现状开展调查,可有效地评价增殖放流效果,并为渔业捕捞对资源的影响提供科学依据。鲢(Hypophthalmichthys molitrix)作为我国主要的经济鱼类和长江人工增殖放流主要鱼类之一,对其遗传多样性的研究可为其种质资源保护和增殖放流提供基础数据。本研究选取长江三峡库区巫山(WS)、云阳(YY)、万州(WZ)、涪陵(FL)四个站点,从2014年至2016年,每年三个季度共计6次,对以上江段的渔业资源现状进行了调查;并以重要的渔获种类鲢为研究对象,运用形态框架测量法和微卫星分子标记技术,对WS、YY、WZ、FL四个江段鲢群体进行了形态差异统计分析和遗传多样性分析,主要研究结果如下:(1)长江三峡库区渔业资源现状调查。共采集到55种鱼类,分属5目23科(亚科)46属,其中鲤形目鱼类最多,共43种,占78.2%。主要渔获物中,铜鱼、翘嘴鲌分别在YY、WS属于优势种,在其余三点为重要种;黄颡鱼属、?、蛇鮈等小型鱼类,在各个采样点数量众多,均属于优势种。与历史资料对比,铜鱼在渔获物重量百分比呈下降趋势,黄颡鱼属、?、蛇鮈等增多。对四个点的鱼类生物完整性(FIBI)进行评估,结果显示YY、WZ、FL等级为一般,WS等级为差。在四个江段的渔获物中,鲢的体重范围:33.6-7000g(均重:1025±881g),体长范围:107-623mm(均长:336±98mm)。相对重要性指数(IRI)均值为530,属于库区重要种。同一采样点在同一季节鲢的捕获量无明显变化,推测是人工增殖放流的效果。(2)鲢四个采样群体形态差异分析。对采集到127尾鲢的21个形态学指标测量结果进行了单因素方差分析,主成份分析,聚类分析和判别分析。单因素方差分析表明四个群体的框架结构差异主要集中于10个性状中(P<0.05),且集中在躯干部分。主成份分析共提取七个主成份,累积贡献率为72.04%。聚类分析结果表明,WZ和FL距离较近,先聚为一类,YY和WS距离较另外两群体稍远,聚为一类。对四个采样点鲢群体的8个形态特征值进行判别分析,判别准确率为YY70.6%、WS 59.4%,WZ 45.5%,FL 64.3%,综合判别率为60%。(3)鲢四个采样群体遗传多样性分析。为分析鲢的群体遗传多样性,选择8个微卫星位点对130尾鲢进行遗传多样性分析,共发现130个等位基因,每个位点的等位基因数介于6-29之间;WZ的平均等位基因数Na最高(11.38),FL最低(9.63);8个微卫星位点的PIC值介于0.4778-0.8952之间;四个群体平均期望杂合度(H_E)分别为:WZ(0.7943)>YY(0.7926)>WS(0.7696)>FL(0.7500);平均观测杂合度(H_O)分别为:WS(0.6270)>WZ(0.6250)>FL(0.6205)>YY(0.5993)。根据Hardy-Weinberg平衡检验结果,四个群体中WS、FL处于平衡状态,YY、WZ偏离平衡。8个位点Fst均值为0.012,小于0.05,表明群体间遗传差异很小。Nei氏遗传距离结果显示,四个群体的遗传距离在0.113-0.173之间;遗传相似性介于0.832-0.889之间。表明YY与WS遗传距离最近,YY与FL距离最远。主成份分析表明WS与YY、WS与WZ距离较近,有形成一簇的趋势,FL则较另外三个群体较远。而UPGMA聚类分析结果为WS与WZ距离相对较近,聚为一类,后再与YY,FL聚类,与主成份分析结果基本一致。综上,长江三峡库区鱼类种类丰富度下降,耐受性强、杂食性鱼类在库区逐渐增多,顶级肉食性鱼类减少,主要经济鱼类如铜鱼、鮊类等减少,鲢在各采样点的捕获量稳定,IRI均值为530,属于库区重要种;四个采样点鲢群体具有一定程度的形态差异,但差异不显著;四个鲢群体内具有较高的遗传多样性,但有降低的趋势,群体间遗传差异不明显。