三角帆蚌是一种广泛分布于我国的淡水珍珠贝类，并且是我国最具经济价值的淡水贝类。传统的选育工作主要依靠表型来进行选择，往往容易受环境影响。相对于传统育种方法来说，分子标记辅助育种则不易受环境的影响，并且能够提高育种效率和缩短育种周期。本文通过磁珠富集法分离筛选了大量微卫星分子标记，并以这些分离标记构建了三角帆蚌的遗传连锁图谱，然后通过复合区间作图法对其育珠相关性状进行了QTL定位。主要研究内容如下：1．用磁珠富集法构建了三角帆蚌(GA)10和(CA)10微卫星富集文库。利用PrimerSelect软件对得到的微卫星序列进行引物设计并合成得到1970对引物。其中43个四核苷酸重复微卫星中有17对引物呈现多态性，并用36只洞庭湖三角帆蚌扩增。17个微卫星位点等位基因数的范围为6～28。期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)的范围分别为0.6776～0.9464、0.6389～1.0000。多态信息含量(PIC)在0.630～0.929之间。统计分析结果显示，其中有12个微卫星位点满足Hardy–Weinberg平衡条件。与本实验室之前开发的二核苷酸重复微卫星相比，该17条四核甘酸重复微卫星具有更高多态性。且更易于采用聚丙烯酰胺凝胶电泳等传统方法分析基因型，有利于节约成本，从而为三角帆蚌群体遗传分析、亲子鉴定等技术提供了准确、价格低廉的微卫星标记。2．用509个微卫星标记构建了三角帆蚌遗传图谱。在雄性连锁图谱上共定位436个标记，分布于19个连锁群上，图谱总长度为1745.9cM，图谱标记的平均间隔为4.19cM。在雌性连锁图谱上共定位425个标记，分布于19个连锁群上，图谱总长度为2078.8cM，图谱标记的平均间隔为5.13cM，雌、雄图谱的覆盖率分别达到90.08%和91.40%。雌、雄整合图谱中共定位了508个标记，覆盖19个连锁群，图谱总长度为1940.3cM，图谱标记的平均间隔为3.97cM，图谱覆盖率为92.59%。同时，用509个微卫星标记直接构建三角帆蚌遗传图谱，结果有506个标记定位在19个连锁群上，图谱标记的平均间隔为3.94cM，图谱总长度为1922.3cM，图谱覆盖率为92.56%。3．利用构建的三角帆蚌遗传图谱对16个生长和壳色相关的性状进行了QTL定位。一共定位了29个QTL，其中壳长、壳高、壳宽、总重、壳重、外套膜外膜重、外套膜内膜重和壳色的QTL数目分别为2、2、2、2、3、3、3和12个。这些QTL主要分布于LG1、LG2、LG3、LG4、LG6、LG8、LG9、LG14、LG17、LG18连锁群上，可解释的表型变异值从15.1%到45.8%。其中4个与壳色相关的QTL在基因组范围内为极显著水平（P<0.01），且都位于LG17上，可解释表型变异值从26.0%到28.9%。这些QTL成簇分布的现象暗示这些生长和壳色相关的性状可能有着共同的遗传基础。本研究构建的三角帆蚌遗传图谱及定位的生长及壳色相关QTL可以用于三角帆蚌分子标记辅助育种，并为相关基因的克隆打下了基础。