近年来,上海市生物医药产业发展迅速,其产业创新能力也达到了较高水平。本文以上海市生物医药产业为研究对象,从专利和专利丛林的视角聚焦于产业发展演进过程,采用inco Pat科技创新情报平台检索到的专利数据,应用专利计量分析与合作网络分析等,结合R语言处理原始数据格式、Citespace合作网络可视化、Ucinet网络密度测算等方法,尝试描述上海市生物医药产业专利发展现状,并尝试以专利的共同引证关系测度产业中“专利丛林”现象的存在与演进阶段的划分,结合专利指标与政策因素,尝试解读“专利丛林”各演进阶段的特征与成因。研究发现,上海市生物医药产业发展迅速,已经形成了较为完善的产业创新集群,但创新合作模式相对单一且专利转化水平仍有待提高;上海市生物医药产业历经“专利丛林”的预备和成长阶段,正处于“专利丛林”稳定阶段,且“专利丛林”的演进阶段特征与产业发展过程密切相关,因此需要考虑如何在尽可能避免“专利丛林”密集的前提下实现生物医药产业创新的健康发展。本文认为企业要重视专利申请和扩大自身的专利组合,重视企业专利预警,积极寻求专利联盟的保护,上海市在积极引入生物医药企业,积极规划生物医药产业集群的同时时也要注意其专利创新能力和专利分布情况。