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本试验采用PCR方法结合毛细管电泳技术，利用15对国际通用的微卫星引物对长白猪和约克夏猪两个家猪品种及其杂种后代长大二杂猪共5个个体进行扫描，根据微卫星标记的遗传多样性指标，分析遗传标记多态性与亲缘关系之间的关联性。同时，采用Illumina PorcineSNP60芯片进行SNP分型，对杜洛克猪、长白猪和约克夏猪三个家猪品种和一个野猪品种（藏猪）及其杂种后代长大二杂猪、杜长大三杂猪、杜藏二杂猪共24个个体进行全基因组扫描，探讨单核苷酸多态性对亲缘分析中个体识别有效性的影响。对比微卫星和SNP两种遗传标记在猪亲缘关系鉴定领域中的优点和局限，优化微卫星亲子鉴定的标记组合，探究SNP亲子鉴定所需的最少和最优位点数目。主要研究结果如下: 1.确定了SW240、SW72、S0301、S0005、S0101、S0070、SW951、S0090、SW398、SW857、SW886、S0355等12个可作为猪亲子鉴定的微卫星标记组合。 2.用已筛选出的12个微卫星位点作为标记组合对上述的5个样本进行亲缘鉴定，得到同一父缘的两个家系，置信度均超过80％。 3.确定了保证猪亲子鉴定准确性和有效性所需的最少SNP位点数为30个，根据最简化原则确定最优位点数为120个。 4.用SNP标记对全部24个样本进行亲缘鉴定，得到2个三代的血缘关系和1个两代的血缘关系系谱，置信度可达99.99％，与系谱记录完全一致。 本论文建立的微卫星标记体系在亲缘鉴定、法庭科学、动物生产育种领域具有重要的意义，对辅助建立健全正确完整的系谱资料、纠正潜在的错误系谱、确保我国现有种畜的真实身份、科学引种、选配等具有应用价值和实际意义。