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棕果蝠(Rousettus leschenaulti)、大长舌果蝠(Eonycteris spelaea)主要分布于我国的热带和亚热带地区,对当地的龙眼、荔枝等水果种植业造成巨大危害。近年来,棕果蝠在国内被大范围捕杀,造成其种群数量急剧下降。棕果蝠、大长舌果蝠在生态系统中对经济植物传花授粉和种子传播起着重要的作用,所以研究这些物种的种群遗传结构和种群变化对更好的保护该物种提供基础资料。为了获得用于研究棕果蝠、大长舌果蝠的种群结构和遗传多样性的分子标记,我们利用探针富集法分别构建了棕果蝠和大长舌果蝠的微卫星基因组文库。筛选出棕果蝠的11个高度多态性位点(M3-1、M3-3、M3-120、M3-8、M3-6、M3-121、M4-2、B04、D04-2、D10-2、D12-2),并在广西种群的57个棕果蝠个体中检测。运用GENEPOP 3.4软件进行哈迪-温伯格平衡和连锁不平衡检测。结果表明,这11个位点在广西种群中均符合Hardy-wenberg平衡,并且不连锁。筛选出大长舌果蝠9个位点(DC3D6、DC205、DC322-3、DC631-2、DC618、DC615、DC645-3、DC683-2、DC636-2),并在一个云南种群39个大长舌果蝠个体中检测。除了引物DC618外,其余8对引物扩增片段显示有高度多态性(大于7个等位基因)。哈迪-温伯格平衡检测指示在两个位点DC631-2, DC683-2上有严重的杂合度缺失,Bonferroni correction for multiple tests显示P < 0.0071,并MICRO-CHECKER软件对这两个位点分析存在零等位基因。GENEPOP 3.4软件检测显示9个位点不连锁。此外,分别检测了上述分离到的位点在其他果蝠种群中的通用性。10对棕果蝠特异的微卫星引物(M3-1、M3-3、M3-120、M3-8、M3-6、M3-121、B04、D04-2、D10-2、D12-2)在其它4种果蝠(短耳犬蝠、犬蝠、大长舌果蝠、小长舌果蝠)内的通用性,其中,8对引物能在大长舌果蝠中扩增出相应大小的产物,短耳犬蝠中能获得预期大小产物的引物有5对,犬蝠有2对,而小长舌果蝠只有1对能适用。而9个大长舌果蝠特异的微卫星标记在犬蝠中,其中只有2对引物(DC615、DC618)能扩增出特异的条带。这些微卫星标记为果蝠种群遗传学研究提供了更多的工具。