无损DNA提取技术以及分子鉴定在甲螨中的应用研究

来源 :河北大学 | 被引量 : 2次 | 上传用户:m397760109
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甲螨是一类重要的土壤动物,体型微小,一般具有较厚的体壁。本研究分别对无损DNA提取技术以及分子鉴定在甲螨中的应用进行了探究。在无损DNA提取部分,本研究针对甲螨这一特定类群,探讨了一种无形态特征损伤的DNA提取技术。通过结合试剂盒DNA提取法,并适当改进实验条件,设计出一套行之有效的DNA提取流程。然后将该方法应用于大翼甲螨、角翼甲螨、尖棱甲螨的DNA提取实验中,PCR扩增并测序之后将所得序列与GenBank数据库进行Blast比对验证了甲螨DNA序列的正确性。随后对提取DNA之后的甲螨标本进行形态学观察,发现其外部形态结构保存完好,主要的分类学特征清晰可见,此标本可以作为凭证标本长期保存。因此本研究提供的DNA提取技术既可以提取出足够的DNA又能够保留凭证标本,这将会有效促进甲螨分子分类学的相关研究。在分子鉴定技术在甲螨中的应用研究方面,本研究选取了目前常用的28S基因序列和COI基因序列作为分子标记。利用28S基因序列分析了大翼甲螨、角翼甲螨、尖棱甲螨、礼服甲螨不同科之间的序列差异情况,以Ischyropsalis strandi(GenBank登录号为:KP224374.1)为外群,对6条序列进行了遗传距离的计算,同时基于NJ法(邻接法)、ME法(最小进化法)、UPGMA法(非加权组平均法)构建了甲螨的系统进化树。随后也对大翼甲螨科内两个不同物种的28S基因序列与COI基因序列的差异情况进行了比较分析。研究结果显示:NJ、ME、UPGMA三种建树方法均显著支持大翼甲螨科两物种聚为一支,bootstrap值分别为99%、99%和100%。NJ法和ME法构建的系统进化树将尖棱甲螨与角翼甲螨聚为一支,但UPGMA法构建的系统进化树并没有将其聚为一支,因此,这两者之间的进化关系还有待于进一步研究。NJ、ME、UPGMA三种方法构建的系统进化树均将礼服甲螨与大翼甲螨、尖棱甲螨和角翼甲螨分开,可能是由于礼服甲螨与另外三种甲螨在28S基因序列上具有较大的遗传差异性。对大翼甲螨的研究表明:28S基因在不同物种之间的序列差异要明显小于COI基因,且COI基因序列的差异程度达到了28S基因序列的7倍以上,因此,COI基因更加适合于较低阶元的物种进化关系的确定以及甲螨在种水平上的分子鉴定。
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