事业单位是我国国民经济发展和社会建设的重要力量之一,改革开放以来,我国事业单位为实现经济增长和保证社会稳定做出了重大贡献,但也逐渐暴露了职能定位不明确、行政管理效率低下、权力失控等问题。对此,在国务院的统一部署下,我国各省份正如火如荼地开展一场以各类事业单位为对象,以政事分开、事企分开为目标的事业单位改革,将原有的事业单位按照社会功能划分为政府服务和社会服务两个类别,其中政府直属事业单位属于政府服务类事业单位。在此次改革中,如何把握改革的契机,在改革的过程中优化管理体系,全面提升事业单位的内部管理水平,是事业单位管理者亟需解决的问题。对此,内部控制制度作为事业单位内部制约、监督权力的有效方式,不仅能够反映出事业单位的内部管理水平,还体现廉政风险防控机制运行的有效性,逐步得到社会各行各业众多管理者的重视和广泛认可,优化事业单位的内部控制制度成为推进我国国家治理体系和治理能力现代化不可忽视的制度建设之一。本文以政府直属A事业单位为研究对象,其原先建立的内部控制制度并不完善,管控能力不强,而且在此次事业单位改革中吸收合并了其他单位的人员,增加了单位部门,因此优化内部控制制度,提升管控水平刻不容缓。本文通过案例研究的方法,以政府直属A事业单位的单位层面内部控制、业务层面内部控制、评价与监督作为切入点,结合委托代理理论等内部控制理论,将风险评估程序和控制方法嵌入其中,通过剖析政府直属A事业单位原先实施的内部控制制度存在的问题,分析目前存在的问题的深层次原因,提出具有针对性的优化措施,使单位能够在原有的基础上实现内部控制体系的优化升级,贯彻落实国家的内部控制政策,为政府机关开展工作提供支持和保障。