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斑羚(Naemorhedus goral)为哺乳纲Mammalia偶蹄目Artiodactyla牛科Bovidae羊亚科Caprinae斑羚属Naemorhedus,在我国许多地区都有分布,国外分布在南亚、中亚以及俄罗斯等地区,斑羚属于濒危物种,为国家II级重点保护野生动物。本研究采用高通量二代测序方法并参考Gen Bank中斑羚属相应序列获得采自华北的斑羚线粒体基因组全序列,通过Geneious v10.0.5软件分析其结构和组成,包括蛋白编码基因组成信息、t RNA的二级结构与r RNA基因的变异等。羊亚科包括13属,其中斑羚属有3种6个亚种,结合Gen Bank中羊亚科不同属种线粒体基因组(mt DNA)序列进行比较分析,构建系统发育树,建立羊亚科不同物种之间的系统发育关系,确定斑羚的系统地位,为该亚科的系统发育与进化研究提供分子证据。主要研究结果如下:1)本研究测得斑羚线粒体基因组全长为16,559bp,整个基因组包括13个蛋白质编码基因(ND1-ND6和ND4L;COX1-3;ATP6和ATP8;Cytb)、22个t RNA、2个r RNA(12S r RNA和16S r RNA)和一个D-Loop环。2)斑羚线粒体基因组序列碱基含量分别为33.6%A,27.2%T,26.0%C和13.2%G,A+T含量高于C+G含量。在这些基因中,ATP6和8个t RNA(t RNA-Gln,t RNA-Ala,t RNA-Asn,t RNA-Cys,t RNA-Tyr,t RNA-Ser,t RNA-Glu和t RNA-Thr)以L链编码,其他基因以H链编码。3)在蛋白编码基因中除ND2和ND3以ATA、ND5和ND6分别以ATT和TTA起始密码子开始外,其余蛋白编码基因以典型的ATG为起始密码子。大部分蛋白编码基因以TAA为终止密码子,而Cytb和ND6分别以AGA和CAT、ND1-ND4和COX3以单个T为终止密码子。4)22个t RNA长度介于60bp到75bp之间,都具有典型的三叶草二级结构。12S r RNA和16S r RNA长度分别为957和1,570bp,位于t RNA-Phe和t RNA-Leu之间,并且由t RNA-Val分隔。通过比较分析发现斑羚线粒体基因组16S r RNA比国外物种Naemorhedus griseus长4bp,但这两个种12S r RNA的长度和位置相同。5)结合Gen Bank中已有基因组序列,基于13个蛋白质编码基因序列采用最大似然法(ML)、最大简约法(MP)和贝叶斯方法(BI)构建羊亚科不同属种的系统发育树,结果显示羊亚科分为两大支,鬣羚属与斑羚属关系近,斑羚属形成了单系群体,本课题研究的华北地区斑羚N.goral与喜马拉雅山斑羚N.goral物种聚在一起得到很高的支持率。结果强烈支持了斑羚属与鬣羚属是单系类群。这与传统认同是一致的。目前结果将为斑羚属系统发育关系和群体遗传学提供分子证据。红麸杨(Rhus punjabensis var.sinica)为漆树科(Anacardiaceae)盐肤木属(Rhus),其各个部位均可入药,具有一定的降火和消炎的效果,单独使用效果会更好。作为寄生在红麸杨幼枝叶上倍蚜虫形成虫瘿的五倍子,可在工业上使用。本探究以cp DNA trn H-psb A与trn L-F区序列作为分子标记,对红麸杨的遗传多样性、种群变异进行分析,得到以下研究结果:1)测得红麸杨6个种群101个样本cp DNA trn H-psb A区、trn L-F区、cp DNA psb A与trn L联合序列分别长581bp、868bp和1,449bp,以及A、T、C和G 4种碱基的平均含量分别为37.3%,37.9%,11.1%和13.7%;35.0%,28.0%,19.1%,17.9%;35.0%,28.0%,19.1%,17.9%;A+T明显高于C+G,其中保守位点C(Conserved sites)546、858、1404,变异位点V(Variable sites)35、10、45。2)单倍型多样性分析获得cp DNA trn H-psb A区序列、trn L-F区序列、trn L和psb A联合序列平均单倍型多样度指数(Hd)分别为0.717±0.034、0.435±0.059和0.783±0.038,以及cp DNA trn H-psb A区序列、trn L-F区序列、trn L和psb A联合序列核苷酸多样性指数(π)分别为0.00460±0.00100、0.00087±0.00014和0.00340±0.00049,综合分析发现湖北五峰种群序列单倍型多样性高和核苷酸多样性指数相对较高。3)通过对cp DNA trn H-psb A区,trn L-F区序列以及psb A和trn L联合序列分析分别得到15、9、23个单倍型(Hap),其Hap1分布都为6个种群所同享;cp DNA trn H-psb A区Hap8和Hap11各分布了两个地区。cp DNA trn L-F区序列其余单倍型都分布一个种群。cp DNA psb A和trn L联合序列Hap8分布了两个种群包括湖北五峰和陕西城固。4)AMOVA分析表明,红麸杨叶绿体DNA trn L-F区序列种群内变异大于种群间变异,而cp DNA trn L和psb A联合序列及cp DNA trn H-psb A区种群间变异大于种群内变异,FST值分别为0.59643和0.56511。5)基于单一基因以及联合基因构建的TCS网络图显示,红麸杨不同单倍型聚成没有明显簇群的网状结构图。因此,可以利用DNA序列分子标记的方法进行种类鉴定。6)结合Tajima’s D和歧点分布分析,Tajima’s D值检验,均为负值,显示红麩杨可能历史上有过种群扩张。