微卫星DNA，又称短串联重复序列(STR)，是一类具有高度多态性的DNA分子标记，被广泛应用于遗传学、法医学等领域的研究，如基因物理图谱的绘制，动、植物遗传育种的指导及亲权鉴定。昆明犬作为我国自主培育出来的优良品种犬，已形成狼青、黑背、草黄三个稳定的品系。本文第一部分通过筛选15个高度多态的微卫星基因座PEZ1、PEZ2、PEZ3、PEZ5、PEZ6、PEZ8、PEZ12、PEZ15、PEZ20、FHC2010、FHC2054、FHC2079、FHC2087Ub、FHCL2132和FHC2611，自行设计引物，应用聚合酶链式反应(PCR)、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)和银染法检测74头昆明犬和11头德国牧羊犬在15个STR基因座上的基因型，并对所得数据进行遗传学统计分析。结果表明昆明犬在15个STR基因座上的平均杂合度(H)为0.638，平均多态信息含量(PIC)为0.604，累积非父排除率为0.9996，累积个体识别率(DP)为0.999999999997。Hardy-Weinberg平衡检验表明PEZ15、FHC2079和FHC2087Ub偏离Hardy-Weinberg平衡。通过遗传距离D_S和D_A来估计德国牧羊犬与昆明犬三个品系间的进化关系。采用邻近法(NJ)和非加权配对组平均数法(UPGMA)构建进化树。结果表明狼青昆明犬和草黄昆明犬的遗传距离较近，而黑背昆明犬与德国牧羊犬的遗传距离较近。 本文第一部分对昆明犬多态性研究都是采用单基因座PCR扩增，它耗材多、成本高、费时、工作量大，尤其在处理大量样本时。相比之下，由2或2个以上基因座组成的复合扩增体系具有耗样量少、信息量多、高效且成本低的优点而为大多数人所采用。本文第二部分是在调查了15个STR基因座等位基因分布范围的基础上，选择FHC2132来代替FHCL2132，其它基因座不变，对PEZ6，PEZ15，FHC2054三基因座重新设计引物，组成五个复合扩增体系即复合扩增体系Ⅰ(PEZ2，FHC2079，PEZ8)，复合扩增体系Ⅱ(PEZ1，PEZ20，PEZ5)，复合扩增体系Ⅲ(FHC2054，FHC2611，FHC2132)，复合扩增体系Ⅳ(PEZ6，FHC2010，PEZ15)，复合扩增体系Ⅴ(PEZ3，PEZ12，FHC2087Ub)。通过单基因座PCR扩增和三因素三水平的复合扩增正交实验摸索出各复合扩增体系中的最佳引物浓度比例，成功构建了五个复合扩增体系。将五个复合扩增体系用于犬的STR基因型检测，结果表明五个复合扩增体系对犬的STR基因型检测是有效的。这五个复合扩增体系的构建成功为进一步开发犬的荧光复合扩增试剂盒奠定了坚实的基础。五个复合扩增体系的最佳体系组成如下：