芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)为世界性分布的病毒,在28个国家和地区中TuMV的危害性仅次于黄瓜花叶病毒(Cucumbermosaic virus,CMV),是侵染蔬菜作物的第二大病毒。水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarfvirus,RBSDV)引起玉米粗缩病,给我国玉米生产造成了严重损失。本研究测定了2007～2008年两年间山东省十字花科蔬菜上58个TuMV分离物3′-端基因组(包括部分NIb、完整CP和部分3′-UTR)序列,扩增产物长度为1082 bp,其中包含28 bp NIb序列、867 bp CP序列及187 bp非编码区序列(3′-UTR)。CP基因编码288个氨基酸。将这58个TuMV分离物CP基因与GenBank上下载的122个TuMV中国分离物的CP基因进行系统进化分析,发现中国TuMV分离物可以分为3个组,分别为basal-BR组、Asian-BR组和world-B组。basal-BR组分离物只在山东省、河北省、浙江省和河南省发现。basal-BR组可进一步分为3个亚组,basal-BRⅡ亚组是泰安和潍坊萝卜上TuMV分离物的主流株系。basal-BRⅢ亚组分离物只在山东泰安发现,并且呈爆发趋势。中国的和日本的basal-BRⅠ亚组和basal-BRⅡ亚组分离物分别属于同一个种群,而中国和日本的basal-BRⅢ亚组分离物分别属于两个不同的种群。对2005年～2008年间泰安和潍坊地区萝卜上TuMV分离物进行核苷酸多样性分析发现,2007年泰安地区萝卜上TuMV分离物CP编码区所承受的选择压力最小,2006年潍坊地区萝卜上TuMV分离物CP编码区所承受的选择压力最大。对台湾、四川、山东、云南、浙江和北京这6个省市的TuMV分离物进行核苷酸多样性分析发现,四川省的TuMV分离物CP基因所处的选择压力是这6个省市中最大的,而浙江分离物CP基因所处的选择压力最小。利用RT-PCR技术,从山东省临沂和泰安两地表现矮化、粗缩病症状的玉米上扩增到水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)4个分离物S10片段,克隆了该基因并测定了其核苷酸序列。扩增片段长1801 bp,其中5′-UTR为21 bp,3′-UTR长度为103 bp,中间为1677 bp的开放阅读框(22-1698),编码558个氨基酸的衣壳蛋白。在根据S10片段序列构建的系统树中,这4个分离物和GenBank中的其它14个RBSDV分离物可分为A、B两组,其中A组又可分为两个亚组。重组分析发现Ly-m2可能是由Zhjs和Ly-ml重组得来的。