基因芯片技术是凝结了生命科学与信息科学这两大学科研究成果的一项崭新技术，已成为大规模提取和探索生物分子信息的强有力手段。基因芯片图像处理和分析属于基因芯片技术应用过程的数据分析部分，它直接影响着芯片的应用。 本论文首先对基因芯片、基因芯片相关技术，包括基因芯片设计、基因芯片制备、样品处理、杂交和检测分析等作了描述，同时对基因芯片技术的现状和国内外基因芯片开发状况作了总的概述。 然后对基因芯片的荧光检测方法进行了分析，具体介绍了目前商品化供应的两种基因芯片检测仪：一类是利用激光共聚焦微面阵芯片检测仪；另一类是利用CCD微面阵芯片检测仪。同时详细地介绍了所在实验室自主研发的基因芯片检测仪，包括它的主体设计、光源设计、光学膜片、感光器件和USB总线。 接着对数字化荧光图像的处理方法进行了分析，从理论上研究了数字图像的噪声抑制方法，为基因芯片的杂交特征提取提供了可行的预处理方法。 采用网格定位的方法对采集的图像进行了分析，获得杂交后基因芯片探针二维荧光信息的关键特征。同时对数据进行了分析，得出了基因芯片探针的检测结果，并将其用数据表和散列图的形式直观地表示出来。 最后本文介绍了基因芯片检测仪的图像分析软件系统。系统软件包括图像处理和分析、数据分析两大部分。