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反转录转座子广泛散布于生物基因组中,具有丰富的多态性,在动植物基因组进化中起着重要作用,由于反转录转座子转座发生的随机性,反转录转座子插入到不同个体同一位点的概率几乎为零,不同个体同一插入位点必然是通过遗传发生在亲本上的反转录转座子某一转座事件而获得,因此具有潜在转座活性或近期发生过转座事件的反转录转座子在不同种群中将出现反转录转座子插入多态(retrotransposon insertion polymorphism,RTIP)。本试验根据反转录转座子保守序列和基因组中的简单重复序列设计特异性扩增引物,在长白、杜洛克、梅山、姜曲海、藏猪、巴马香猪和野猪中检测反转录转座子在品种间或品种内存在的插入多态,克隆这些插入位点并测序,将测序结果比对分析后归类,以每一类的代表序列设计插入位点旁侧特异性引物,与反转录转座子保守序列引物匹配使用,在不同种群中检测所克隆的插入位点是否呈现多态性,并将种群内呈现多态性的插入位点与该种群的繁殖性能进行相关性分析,研究结果如下:1、用于扩增多态插入位点的引物筛选通过两个反转录转座子特异性引物(L13’UTR、L15’UTR)和13个微卫星引物为上下游引物,扩增长白、杜洛克、梅山、姜曲海、藏猪、巴马香猪以及野猪基因组中反转录转座子L1的插入位点序列。结果显示,反转录转座子L1在7个品种间呈现不同的多态性分布,其中有两个微卫星引物(PrimerCT、PrimerTC)与反转录转座子特异性引物组合扩增出的条带清晰且重复性好,同时发现在上述7个品种内和品种间多态特性明显。2、反转录转座子插入位点群体多态性分布检测使用筛选的两个微卫星引物与反转录转座子特异性引物,克隆了 33个猪基因组中的插入位点,对克隆位点的序列比对分析,得到20型克隆(分别命名为a、b、c、d、e、f、A、B、C、D、E、F、G、H、I、J、K、M、N、O),并依此设计特异性侧翼序列引物,检测这些插入位点在群体中的分布频率。结果显示,所有20类插入位点中,长白猪中有三个插入位点呈现多态,分别是E、I和K,其在长白群体中的分布频率分别是0.53、0.15和0.01;杜洛克猪有四类插入位点呈现多态,分别是A、E、G、M,在杜洛克群体中分布频率分别是0.51、0.89、0.03和0.03;在苏姜猪种发现有七个插入位点呈现多态,分别是A、E、G、H、I、K和M,其在苏姜猪群体中的分布频率分别为0.1、0.35、0.04、0.35、0.37、0.39和0.03;在大白中没有发现类似呈现多态的插入位点。3、反转录转座子插入多态性分布与繁殖性能相关性分析通过反转录转座子在不同品种中的分布情况并与猪的繁殖性状相关联,分析所筛选的所有特异性插入位点在不同品种的种群内呈现不同的分布与繁殖性状的关系,在长白、大白、苏姜猪群体内呈现多态的插入位点与其繁殖性状相关性差异不显著(P＞0.05),而在杜洛克猪种有E位点插入的个体在产仔数和初生窝重方面均显著低于没有E位点插入个体(P<0.05)。综上所述,本研究建立了以反转录转座子L1D1为基础的分子标记筛选方法,在4个品种中获得14个多态标记,为QTL分析和群体进化研究等提供了新的分子标记。