鸭坦布苏病毒的分子生物学快速诊断与E蛋白基因变异性分析

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2010年6月以来,我国鸭主产区的蛋鸭和种鸭暴发了一种新的传染病,主要特征为产蛋鸭卵泡充血、出血和变性。该病病原是一种黄病毒,基因组为单股正链RNA,全长10990nt,分类上和Tembusu病毒亲缘关系最近,定名为鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus, DTMUV)。为了开展“鸭坦布苏病毒感染”的流行病学调查和提高疫病诊断准确性,本研究建立了DTMU一步法RT-PCR和一步法荧光定量RT-PCR检测方法,对不同禽种、时间和地区DTMUV的E蛋白基因进行克隆和测序,分析该病毒的变异性,这为该病的防控技术研究奠定了基础。本研究主要分为3部分:1. DTMUV一步法RT-PCR检测方法的建立在对DTMUV序列进行比对分析的基础上,设计一对特异性引物,通过优化RT-PCR反应条件,建立了DTMUV一步法RT-PCR检测方法。该方法具有特异、快速、敏感、准确的特点,可以在2个小时内检出1.82个TCIDso的病毒核酸。对2010年至2011年6月份前的106份产蛋下降鸭群临床病料进行检测,结果阳性率为46.2%,表明DTMUV在浙江及其周边省份的产蛋鸭群具有较高的感染率。2. DTMUV一步法荧光定量RT-PCR检测方法的建立在对DTMUV序列进行比对分析,根据MGB探针实时荧光定量PCR原理,在3’端非编码区设计一对特异性引物和一条MGB探针,通过优化一步法荧光定量RT-PCR反应条件,建立了DTMUV一步法荧光定量RT-PCR检测方法。该方法具有特异、快速、敏感的特点。可以在2个小时内检出10copies/μL的体外转录RNA量。与建立的DTMUV一步法RT-PCR(?)检测方法进行比对,一步法RT-PCR阳性率为46.2%,而一步法荧光定量RT-PCR阳性率为74.6%,其中鹅病料组织阳性率为69.1%(29/42),表明建立的一步法实时荧光定量RT-PCR检测方法比一步法RT-PCR检测方法具有更高的敏感性,在对临床病料检测中发现鹅群中DTMUV也具有较高的感染率。3.鸭坦布苏病毒E蛋白基因变异性分析通过对不同来源的35株鸭坦布苏病毒E蛋白基因进行核苷酸序列和氨基酸序列比对,发现不同来源的各株病毒之间核酸和氨基酸的同源性分别为97.0%-100%和97.4%-100%,其中主要的变异位点为第191位核苷酸(其中有17株为A,有18株为G)导致第64位氨基酸的不同(17株为赖氨酸,18株为精氨酸),该氨基酸位点的转换与毒株的分离时间、地点和品种间没有关联。结果表明,截止目前为止,各鸭坦布苏病毒分离株的E蛋白基因未发生明显改变。
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